C#中的关键组织结构概念包括程序、命名空间、类型、成员和程序集。C#程序由一个或多个源文件组成。程序声明类型、而类型则包含成员，并被整理到命名空间中。类型示例包括类和接口。成员示例包括字段、方法、属性和事件。编译完的C#程序实际上会打包到程序集中。程序集的文件扩展名通常为.exe或.dll，具体取决于实现的是应用程序还是库；
程序集包含中间语言（IL）指令形式的可执行代码和元数据形式的符号信息。执行前，程序集中的IL代码会被.NET公共语言运行时的实时（JIT）编译器自动转换成处理器的专属代码。
由于程序集是包含代码和元数据的自描述功能单元，因为无需在C#中使用#include指令和头文件。只需在编译程序时引用特定的程序集，即可在C#程序中使用此程序集包含的公共类型和成员。
使用C#，可以将程序的源文件存储在多个源文件中。编译多文件C#时，可以将所有源文件一起处理，并且源文件可以随意相互引用。从概念上讲，就像是所有源文件在处理前被集中到一个大文件中一样。在C#中，永远都不需要使用前向声明，因为声明顺序无关紧要（除了极少数的例外情况）。C#并不限制源文件只能声明一种公共类型，也不要求源文件的文件名必须与其中声明的类型想匹配.