认为来自不同物种的一组基因的进化关系（基因树，gene tree）与这些物种本身的进化关系（物种树，species tree）
一定相同，似乎是合理的，因为这些基因存在于这些物种的基因组中。但情况并非如此。基因树不一定与物种树相同。
基因树可以和物种树不同，一种情况如下图所示。祖先种群最先固定了A1等位基因（顶部），但随后发生了A2突变，
使该群体变成多态性群体。这种多态性甚至在物种1分出来，以及物种2和3分开时仍然存在。但是，最终发生了一个等位
基因的丢失（和另一个等位基因的固定），在此例中，物种1和2固定等位基因A2，而物种3固定等位基因A1。这意味着，
基因树会将来自物种1和2的等位基因作为亲缘关系最近的一组，而物种树表明，实际上物种2和3才是亲缘关系最近的。
由于重组的存在，这种情况会变得更加复杂。既然基因能够进行重组就意味着不同的基因可具有不同的进化史。因为
在基因内部可发生重组，所以相同基因的不同部分甚至可能具有不同的进化史。另外，对多态性持续的时间相对较短的基
因，或者对相当古老的分类单元而言，基因树确实通常与物种树一致。基因树和物种树之间的不一致，只要对于长期维持
多态性的基因，或亲缘关系很近的分类单元，是一个隐患。