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在MySQL 5.5之前的版本中，默认的搜索引擎是MyISAM，从MySQL 5.5之后的版本中，默认的搜索引擎变更为InnoDB。
至于到底用哪种存储引擎比较好？要根据你的需求和环境来衡量。
所以对这两种引擎的概念、原理、异同和各自的优劣点有了详细的了解之后，再根据自己的情况选择起来就容易多了。
| MyISAM | InnoDB | |
| 存储结构 | 每张表被存放在三个文件：
|
所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB。 |
| 存储空间 | 可被压缩，存储空间较小。 | 需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 |
| 可移植性、备份及恢复 | 由于数据以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。 | 免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了。 |
| 事务安全 | 不支持 ，每次查询具有原子性。 | 支持， 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。 |
| AUTO_INCREMENT | MyISAM：可以和其他字段一起建立联合索引。 | InnoDB：必须包含只有该字段的索引。 |
| SELECT | MyISAM更优 | |
| INSERT | InnoDB更优 | |
| UPDATE | InnoDB更优 | |
| DELETE | InnoDB更优。不会重新建表，而是一行一行删除。 | |
| COUNT without WHERE | MyISAM更优。因为它保存了表的具体行数。 | |
| COUNT with WHERE |
一样 | 一样 |
| 锁 | 只支持表锁 | InnoDB：支持表锁和行锁，是innoDB的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的。 |
| 外键 | 不支持 | 支持 |
| FULLTEXT全文索引 | 支持 | 5.6+支持 |
MyISAM和InnoDB各有优劣，各有各的使用环境。
但是，InnoDB的设计目标是处理大容量数据库系统，它的CPU利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。
我觉得使用InnoDB可以应对更为复杂的情况，特别是对并发的处理要比MyISAM高效。同时结合memcache也可以缓存SELECT来减少SELECT查询，从而提高整体性能。
我们应该如何选择？
MyISAM：
1). 可做很多count 的计算；
2). 插入不频繁，查询非常频繁，如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择；
3). 没有事务。
InnoDB：
1). 可靠性要求比较高，或者要求事务；
2). 表更新和查询都相当的频繁，并且表锁定的机会比较大的情况指定数据引擎的创建；
3). 如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表；
4). DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的 删除；
5). LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。