序列比对和序列特征分析总目录
1 NCBI Protein database
related information可以查看非常详细的各种相关信息
2 EXProt :database for EXPerimentally verified Protein functions
ps,写到这里,安利一个航母网址https://www.expasy.org/
3 第一推荐:UniProtKB:不能再详细
数据来源
- 核酸数据库翻译推导
- 蛋白质数据库PIR挑选
- 科学文献摘录
- 研究人员直接提交的蛋白序列
特点
- 每一条序列包括核心数据和注释两类,其中
核心数据包括序列,参考文献,分类信息等
注释数据包括功能描述,翻译后修饰,结构域和功能位点,四级结构,相关疾病,PPI等- 融合多个数据库,降低冗余
- 与其它数据库交叉引用
UniprotKB主要包括两部分:
-
UniprotKB/Swiss-Prot:包含检查过的,手工注释的条目
-###UniprotKB/TrEMBL:包含未校验的,自动注释的。由计算机分析获得,未人工审核。
4 PIR
The Protein Information Resource (PIR) is an integrated public bioinformatics resource to support genomic, proteomic and systems biology research and scientific studies (Wu et al., 2003).
5 MIPS比较全面的一个网站 参考文章
ps:内嵌