gromacs计算rmsd
g_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd
-s 参考结构，这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件
gromacs计算rmsf
g_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd
-s 结构文件 -f 轨迹文件
gromacs计算make_ndx
选择体系的一部分，以便分析 . 采用make_ndx 命令。
make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
> r 1 36 37 72 73 108 （按残基选择，还可按其他方式进行选择）
> name 15 Terminal （对选择的这部分残基命令）
> v （查看）
> q (退出）
选择多个片段
> ri 27-59 | ri 64-94
Found 498 atoms with resind.+1 in range 27-59
Found 450 atoms with resind.+1 in range 64-94
Merged two groups with OR: 498 450 -> 948
11 r_27-59_r_64-94 : 948 atoms
gromacs计算DCCM--运动相关性
g_covar -f 1ggg-03.dcd -s 1ggg.pdb -xpma
g_covar -s ../pte_wb.pdb -f ../../pte/pte_wb.dcd -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covapicbackbone.xpm
g_covar -f filtered.xtc -s ../pte_wb.pdb -ascii covar_filt.dat -o eigenvalues_filter.xvg -v eigenvectors_filter.trr -xpma covarpic_filter.xpm
g_anaeig -f ../../pte/pte_wb.dcd -s ../pte_wb.pdb -v eigenvectors.trr -first 1 -last 3 -filt filtered.xtc -proj proj.xvg
xpm2ps -f covara.xpm 转换成PS可读文件--.eps