R语言小巧精悍,能在多个平台上快速安装,具有众多的统计包,能快速画出还算美观的图(推荐ggplot2),因此在编程语言的舞台上占有一席之地。
对于生物狗来说,主要用下面两种方式来安装R包:
1,
install.packages()
2,
source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()
用别人的包很爽,自己开发一个也很有趣,下面来谈谈步骤:
1, 编写R function (R有S3,S4和RC三种模式,我们最开始接触R时学的data.frame, matrix, vector等都是基于S3模式)。
Note: 在编写函数是一定要考虑R的向量化,充分向量化,就不用Rcpp来加速了(我曾经遇到过用C++来改写R代码后速度没有改善的悲剧)。
2,在Rstudio中开一个R package的project(在命令行自己编译也可以,Rstudio能省很多事),怎么用Rstudio?问google。
3,用roxygen2创建.Rd文档和NAMESPACE文档,用devtools::create_description()来创建description文档(下文Reference有链接)。
4,将编译好的包传到github上去,以便其它人能安装使用(见Reference)。
References
Introduction to roxygen2
Package namespace
Putting your R package on GitHub