药物靶点预测系统案例分析-1

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        马齿苋(Portulaca oleracea L.)属马齿苋马齿苋属,性喜肥沃土壤,耐旱亦耐涝,生活力强,生于菜园、农田、路旁,为田间常见杂草,广布全世界温带和热带地区。全草供药用,有清热利湿、解毒消肿、消炎、止渴、利尿作用(1)。

        近几年研究发现中药马齿苋具有治疗哮喘的作用。王国玉等(2,3)发现马齿苋水提物通过兴奋β受体松弛气管平滑肌,对豚鼠喘息模型有显著的平喘作用。Askari等(4)则发现马齿苋乙醇水提取物对豚鼠气管平滑肌的β2-肾上腺受体起激动作用。

       2018年3月,JNP杂志刊发了一篇来自山东大学的向兰教授等署名的文章(5)。文章发现马齿苋中儿茶酚异喹啉类化合物对β2-肾上腺受体起激动作用。向兰教授等从马齿苋中分离出10个水溶性的儿茶酚异喹啉类天然产物,其中化合物2为新化合物,其对β2-肾上腺受体激动活性达 5.1μM。

        最近,爱菩新医药公司上线了药物靶点预测系统,为了验证该系统的可靠性,我们将该化合物2提交到系统进行预测。计算结果发现该化合物与系统化合物LG000171489具有73%的相似性(使用系统三维相似度_WEGA算法(6)),其三维叠合效果如下:

        三维叠合图可见,两个分子的三维形状相似,骨架吻合程度较高,位置A均为两个邻位的酚羟基,B则均为氢键受体,C则均为氢键供体,两个分子的药效团类似,所以这两个分子的相似度打分(三维形状及药效团的综合打分)较高。

        LG000171489与化合物2的二维结构对比如下:

      化合物LG000171489发表于JMC杂志上(1993年),该文章发现此化合物对β2-肾上腺受体具有一定的激动作用,Ki达4.9μM,而使β2-肾上腺受体兴奋的药物可用于治疗哮喘

       因此,药物靶点预测系统基于化合物间相似性原理,可用来预测新合成化合物或天然产物的作用靶点,有助于辅助科学研究。

系统网址:http://demo.dtps.iprexmed.com 

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相关参考资料:

1. 1996《中国植物志》第26卷 037页。

2. 王国玉等。马齿苋水提取物的平喘作用研究。世界中医药。2014, 10, 1338-1340。

3. 王国玉等。马齿苋水提取物平喘作用与β受体和M受体的关系。军事医学。2015, 9, 688-690。

4. Askari, VR et al. Hydro-ethanolic Extract of Portulaca oleracea Affects Beta-adrenoceptors of Guinea Pig TrachealSmooth Muscle. Iranian Journal Of Pharmaceutical Research. 2016, 15, 867-874。

5. Lan Xiang et al. Catecholic Isoquinolines from Portulaca oleracea and Their Anti-inflammatory and β2-Adrenergic Receptor Agonist Activity. JNP. 2018, 4,768-777。

6. Xu, J. et al. Enhancing molecular shape comparison by weighted Gaussian functions. JCIM. 2013, 53, (8), 1967-78。

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        马齿苋(Portulaca oleracea L.)属马齿苋马齿苋属,性喜肥沃土壤,耐旱亦耐涝,生活力强,生于菜园、农田、路旁,为田间常见杂草,广布全世界温带和热带地区。全草供药用,有清热利湿、解毒消肿、消炎、止渴、利尿作用(1)。

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