因为数据库中需要有blast功能,我们在网上搜到有viroblast,Sequenceserver 等开源的码可以用。viroblast是PHP写的,所以打算直接拿来用,然后改一下前端(捂脸,狗头)
感谢小麦研究联盟和基因课
本文记录仅作为little_raccoon的实验记录
- 安装apache2 服务器
sudo apt-get install apache2
/var下会有/var/www/html文件夹
ifconfig #获取IP
在浏览器输入IP,会出现下面界面,表示apache2已打开
- 安装PHP相关扩展包
sudo apt-get install libapache2-mod-php php php-gd
我在ubuntu12.04上遇到下面报错 Unable to locate package …,网上搜索解决方法后,更换了几个软件源并且apt-get update,但是仍未解决。最后在ubuntu16.04上发现可以安装成功,于是就在16版本上进行,没有再去纠缠报错的问题。
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下载 viroblast
我在github下载的,去viroblast主页申请licence也可以下载 -
配置viroblast
解压
unzip ViroblastStandalone-master.zip
文件夹移动到/var/www/html下
mv ViroblastStandalone-master.zip /var/www/html/viroblast
将makeblastdb后产生的三个文件放到/var/www/html/viroblast/db/nucleotide下(我在这里只用核酸序列,没有用到蛋白序列)
更改viroblast配置文件
sudo vim /var/www/html/viroblast/viroblast.ini
test_na_db为blast数据库的名字,little_raccoon为显示在前端页面的名字,如果有多个库,用逗号分隔开
最后就是这样,接下来是前端设计修改,伪装一下(狗头).