使用ggplot2进行数据可视化:散点图篇

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使用ggplot2进行数据可视化:散点图篇

The simple graph has brought more information to the data analyst’s mind than any other device. —John Tukey

在数据分析中,进行数据可视化是一个重要的步骤。在前期对数据进行初步探索时,数据可视化会让我们对数据有一个初步的了解;而在后期进行分析和交流时,数据可视化可以为别人提供更加有效、易读的信息。
在R语言中,有这两个绘图系统传统绘图系统Grid绘图系统,此外还有两个基于Grid绘图系统的主流拓展包:latticeggplot2。在这里主要介绍的是ggplot2包在数据可视化中的运用。ggplot2提供了全面的、基于语法的、连贯一致的图形生成系统,允许用户创建新颖的、有创造性的数据可视化图形。虽然ggplot2的学习曲线陡峭,但是只要掌握其语法规则,能够在很短的时间内生成达到出版水平的图形。所以,ggplot2是R数据可视化中重要的扩展包。

使用散点图观察两个连续性变量的关系

有时候,我们想要知道两个连续性变量是否存在某种关系,如线性、非线性、正相关、负相关等等,我们通常绘制散点图初步观察这种关系是否存在。

使用的示例数据集

在这里,我们主要是用的数据集是“mpg”。该数据集包含了1999-2008年部分车型以及其燃料消耗等数据。该数据集是ggplot2包一个示例数据集,我们可以使用查看该数据集前几行:

library(ggplot2)
    data(mpg)
    head(mpg)
    # A tibble: 6 x 11
      manufacturer model displ  year   cyl      trans   drv   cty   hwy    fl   class
             <chr> <chr> <dbl> <int> <int>      <chr> <chr> <int> <int> <chr>   <chr>
    1         audi    a4   1.8  1999     4   auto(l5)     f    18    29     p compact
    2         audi    a4   1.8  1999     4 manual(m5)     f    21    29     p compact
    3         audi    a4   2.0  2008     4 manual(m6)     f    20    31     p compact
    4         audi    a4   2.0  2008     4   auto(av)     f    21    30     p compact
    5         audi    a4   2.8  1999     6   auto(l5)     f    16    26     p compact
    6         audi    a4   2.8  1999     6 manual(m5)     f    18    26     p compact

此外,可以使用?mpg在Rstudio上查看详细的解释。

散点图的可视化

在这里,我们想要知道的是,发动机排量(displ)燃油效率(hwy)之间存在什么关系。
- displ:发动机的排放量,单位升;
- hwy:highway miles per gallon,每加仑汽油行驶的距离,单位米/加仑。
根据平时的经验来看,发动机排量越小,每加仑汽油行驶的距离就越长,即,燃油效率就越高。 那么在这个数据集中,是怎样的一种情况呢?在散点图中,我们可以观察到他们之间的关系。使用ggpolot2进行散点图的绘制代码如下:

library(ggplot2)
    ggplot(mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+
              geom_point()

这里写图片描述

我们可以从上图看到,随着发动机排量的升高,每加仑汽油行驶的距离就越短,发动机排量和燃油效率存在着线性的关系。对于上述的代码,ggplot2到底是如何工作的?
ggplot2中,我们是首先需要告诉函数使用哪一个数据集,然后给他规定横轴纵轴分别表示哪些变量。在上面的代码中,我们在ggplot()函数中规定了数据集以及横纵坐标所代表的变量。然而单单使用ggplot()函数仅仅只能生成一个横纵坐标轴(下图)。所以我们还需要告诉系统,我们想要画的是什么类型的图,这个由geom_point()函数来告诉系统,我们想画的是散点图geom_point()这种函数称为几何函数,在ggplot2中,这样的几何函数有很多,如条形图 :geom_bar(),箱线图:goem_boxplot(),直方图:geom_histogram()等等。
仅仅只是实现了一个区域
我们在使用ggolot(mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy))时,我们已经将横轴纵轴的变量设为了全局变量全局变量意味着后续的图形全部是在这个横纵坐标下绘制的,比如,我们想添加一条光滑在这个图形的基础上添加一条光滑的曲线:

ggplot(mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+
              geom_point()+
              geom_smooth()

这里写图片描述
除了这种方法外,我们还可以在几何函数下为每一个图形设置其横轴纵轴,当这样设置时,意味着设置的横轴纵轴的变量仅仅适用于这个几何函数。下面的代码表示使用displhwy变量绘制散点图,使用displcty变量绘制光滑曲线

    ggplot(mpg)+
              geom_point(mapping = aes(x=displ,y=hwy))+
              geom_smooth(mapping = aes(x=displ,y=cty))

这里写图片描述

虽然纵轴显示的是hwy,但是光滑曲线并不是hwy纵轴进行绘制的。

分组

重新审视图一的散点图,我们发现有一些异常值,出乎我们的意料:这些车在大排量下居然也有着较好的燃油效率。这些异常值的是否与其他的因素有关,和什么因素有关?这些在总体的数据中我们无法观察到不同。所以我们需要对这些数据进行分组。在这个数据集中,我们注意到车辆有着不同的类型,因此,我们选择对其车型进行分组,看看不同组别的汽车有什么不同。
ggplot2中,可以很简便的看到各个分组的情况:

    ggplot(mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy,colour = class))+
              geom_point()

这里写图片描述
需要注意的是,ggplot2中,分组的函数必须放在aes()中,否则这会出现错误。
分组之后,我们发现异常值基本都属于一种车型:2seater。这种车型是一种跑车,拥有者大排量的发动机和较轻的车身,所以使其在同样的排量下,能够拥有着更好的燃油效率。
ggplot2中,不仅仅可以使用颜色进行分组,还可以使用形状(shape)、透明度(alpha)、大小(size)进行分组。当然,在某些情况下,某种分组的效果不一定合适。在ggplot2中,一次只能使用最多六种形状(shape),所以在用形状进行分组的时候,会遇到下面的情况:

ggplot(mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy,shape = class))+
               geom_point()

    Warning messages:
    1: The shape palette can deal with a maximum of 6 discrete values
    because more than 6 becomes difficult to discriminate; you have
    7. Consider specifying shapes manually if you must have them. 
    2: Removed 62 rows containing missing values (geom_point). 

这里写图片描述
这时候,Suv不再显示。

选择子集

有时候,我们不想看所有的数据,只想看看SUV这一个车型不同排量和燃油效率的关系。那么应该如何进行绘图呢?

ggplot(data = mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+
              geom_point(data = filter(mpg,class == "suv"))

这里写图片描述
备注:在使用filter()函数时,需要载入dplyr包,不然会报错。

除了这种单一的提取出不同子集的方法外,我们还可以使用分面(Facets)将所有的子集绘制出来。

    ggplot(data = mpg,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+
              geom_point()+
              facet_wrap(~class,nrow = 2)

这里写图片描述
使用的函数facet_warp()需要添加一个公式型的参数,这是R中的一种数据结构形式,而不是指数学上的等式。这种表达方法在进行回归分析的时候经常会被使用。

这部分,我们查看了如何在ggplot2中初步探索两个变量之间的关系,如何绘制散点图,并且添加光滑曲线,如何用不同的形式表达不同的子集,如何绘制其中的一个子集,如何使用分面在一个图形中绘制不同的子集。接下来,我们将要探讨的是条形图在ggplot2中应该如何绘制。

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