JTAG下载方式：即生成sof文件或者转换的.jic可以通过JTAG方式下载。是直接将程序文件下载到FPGA里面，由于FPGA是SRAM结构，掉电后程序消失。
AS下载方式： 即生成pof文件，通过Activeserial programming方式下载。是将程序下载到配置芯片里面（一般使用EPCS4/EPCS16/EPCS64，我们EP4CE6开发板使用的是EPCS4，我们EP4CE10开发板使用的是EPCS16），然后配置芯片自动加载到FPGA里面，掉电后程序不消失。一般使用JTAG做调试和下载。另外AS下载完成后，需要掉电，然后拔掉AS下载器，然后重新上电，程序才能执行。
EPCS：串行存储器，NiosII 不能直接从EPCS中执行程序，它实际上是执行EPCS控制器的片内ROM中的代码（即Bootloader），把EPCS中的程序搬到RAM中执行。FPGA配置数据和NiosII程序都存放在EPCS器件中。FPGA配置数据放在最前面，程序放在后面，程序可能有多个段，每个段前面都插有一个“程序记录”。一个“程序记录”由2个32位的数据构成，一个是32位的整数，另一个是32位的地址，分别用于表示程序段本身的长度和程序段的运行时地址。这个“程序记录”用于帮助Bootloader把各个程序段搬到程序执行时真正的位置。
Nios II Cache
经常有人反映说自己写的代码无法正常工作，然后晒出自己的代码来。经过对用户代码的分析可以知道，他们都是参考了网络上流传的比较系统的两份资料的方式，采用直接地址映射，即用指针的方式来直接操作外设里面的寄存器。这样操作在不带Cache的NIOS II版本中能够很好的奏效，例如NIOS II的e版本和s版本，但是在f版本中，为了增强NIOS II处理器的性能，加入了数据cache和指令cache。如果用户使用带cache的CPU，却还是像之前那样，直接使用指针映射寄存器地址的方式，就会出现很多时候，我们希望写入的数据并没有直接写入到外设IP的寄存器中，而是写入到了cache中，即外设IP中并未立即写入我们希望写入的值，也就不会执行相应的操作了。（关于CACHE是个啥东西，这里不做专门讲解，有兴趣的请自行查阅相关资料）。那么为什么明明是要写入到外设IP寄存器中的数据，却写入到了cache中呢？这是因为，NIOS II e和s版有31位的地址线，f版本有32位地址线，但是这第32位地址线恰恰就是用来选择cache的，当地32位地址线为0的时候，选择cache，当第32位地址线为1的时候，就旁路/屏蔽cache，也就是说，当我们还是继续使用指针映射的方式操作外设寄存器，假设寄存器的地址为0x00000001，那么在带有cache的系统中，该地址实际是映射到了cache中，而真正的寄存器地址应该是0x10000001，因为要想寻址到实际的寄存器地址，必须屏蔽cache，即需要地址的最高位为1。所以，如果我们还是用指针直接操作0x00000001这个地址，当然数据不会传入实际的寄存器中，所以无法生效。那么怎么解决呢，个人观点还是使用Altera 官方提供的HAL库，如io.h这个文件里，提供了很多读写函数：
| IORD_32DIRECT(BASE, OFFSET) //从某地址读出32位的数据 IORD_16DIRECT(BASE, OFFSET) //从某地址读出16位的数据 IORD_8DIRECT(BASE, OFFSET) //从某地址读出8位的数据
IOWR_32DIRECT(BASE, OFFSET, DATA) //向某地址写入32位的数据
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IOWR_16DIRECT(BASE, OFFSET, DATA) //向某地址写入16位的数据 IOWR_8DIRECT(BASE, OFFSET, DATA) //向某地址写入8位的数据
IORD(BASE, REGNUM) //从某地址按照CPU数据位宽（32）读出数据 IOWR(BASE, REGNUM, DATA) //向某地址按照CPU数据位宽（32）写入的数据 |
这些函数在使用的时候，会自动屏蔽CACHE，另外，针对每个特定的IP，Altera也都提供了相应的驱动文件，如PIO核，提供的驱动头文件名叫“altera_avalon_pio_regs.h”，在这里面定义了对PIO外设IP进行读写和控制的所有驱动函数，这些函数也都是自动屏蔽了CACHE的。而且，使用这个函数，能够方便的在各种NIOS II 版本的CPU之间移植，而不用担心CACHE的问题。所以，个人强烈推荐使用官方库进行IP核的使用。如果用户执意要坚持自己的观点，使用指针直接映射，那么请在定义指针的时候，将地址最高位置为1，例如， PIO_LED的地址为0x00000001，那么用户定义该地址指针时，请用#define PIO_LED （0x00000001 | 0x80000000），或者#define PIO_LED （PIO_LED_BASE | 0x80000000），其中PIO_LED_BASE在system.h头文件中定义。这样再操作就不会有问题了。