circos 可视化手册-links 篇

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highlights用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CNV等信息,这样的信息就通过links 这个block 进行展示。

links 用于描述两个区间之间的关系,其用法和highlights类似, 示例如下
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所有的link都包含在 links中,在links下定义的属性是全局的属性,每个link会继承全局属性, 也可以重新定义,覆盖掉全局的属性。

file参数定义了用于展示的数据信息,有两种定义方式

1. 一行定义一对

文件共有6列,使用空格分隔;每一行表示一对有联系的区域,前3列和后3列分别定义一个区域
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2. 两行定义一对

区间的定义和第一种格式类似,都是染色体,起始和终止位置;唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的,每两行代表一对有联系的区域
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links的基本展示形式如下:
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通过一段曲线将两个区域连接起来,可以看到,所有曲线的最外围位于同一个圆上。

radius 定义最外围的圆的半径,控制links 区域的大小, 用法如下 radius = 0.4r

color 定义了连线的颜色, 用法如下 color = black

thickness 定义了连线的粗细程度,用法如下 thickness = 1

z 定义了link的优先级,当连线重叠时,优先级越高的越先显示

links中,外观上最需要调整的是曲线的弯曲程度,有3个参数控制曲线的弯曲程度:

  1. bezier_radius
  2. crest
  3. bezier_radius_purity

曲线采用了贝塞尔曲线的方式来构造, bezier_radius 定义了贝塞尔曲线的控制点的位置, 不设置这个参数时,连线是一条直线, 示意图如下:
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crestbezier_radius的基础上新增了两个控制点,示意图如下:
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bezier_radius_purity控制有效的bezier_radius,示意图如下:
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除了上述的曲线外,links还提供了ribbon的展示形式,用法如下
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生成的效果图:
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ribbon的展示形式中,color 指定填充色,stroke_color指定边框的颜色,stroke_thickness 指定边框的粗细。

以上就是links的基本参数和使用方法。

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转载自blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83788280
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