可视化软件circos更新

可视化软件circos更新

适合级别：入门

关键字：可视化,circos,翻译

背景

在数据挖掘和数据分析越来越受重视的今天，数据可视化一直是一个悄悄在成长的小交叉领域，类似的诸如信息可视化，统计可视化，可视化商业智能等。

简介

circos 是一个主要用于可视化生物信息学领域的基因组数据的开源软件，基于perl，作者也是交叉学科的牛人 Martin Krzywinski ，有着多个领域背景及技术，是加拿大Michael Smith基因组中心的科研人员之一。

去年笔者曾简单介绍过，不过目前circos已经更新了好几次了，其中之一是 circos目前使用独立域名 circos.ca ；而之前都是在Martin自己的网站下。同时circos也经常参与相关的学术活动和技术会议等，获得不少好评。

更新

本次更新到的最新版本是 0.55 预览版。

用法入门

这里再简单介绍下CIRCOS绘图的基本思路或过程：

1 circos是一个perl程序，依赖很多外部的perl模块，都可以在CPAN下载得到；

2 circos绘图需要两个东西：数据文件，配置文件；前者是我们自己的数据，整理成circos可接受的行列格式即可，后者用于指定图形样式，包括大小和颜色形状等；

3 circos直接生成的其实就是SVG - 一个符合W3C的SVG定义的XML文档；

4 circos生成图(圈图，之所以叫circos就是因为它以圈图为主要特色)，因为是SVG的关系，可以任意地修改添加，改造为自己期望的样式；甚至可以嵌入在自己的图形中。

文档翻译

另外，本人之前发起的circos文档中文化翻译项目仍然没有完成，在此顺便招募同好者一起来完成。

项目地址： http://code.google.com/p/circos-chn/

联系 gmail/talk: nodexy

PS：最后再介绍下另一个可视化软件 processing

1 http://processing.org/ 是一个用于创建图片、动画及交互图的开源编程语言环境，设计和科研用得比较多；

2 http://processingjs.org/ 是 processing的姊妹项目，一个processing的js port ，适合在WEB上构建图形动画。

笔者稍后另文介绍此软件。相比circos其门槛稍高，但功能更全面和强大；circos门槛低而且主打circular风格。

2011-6-9更新：

CIRCOS用户交流豆瓣小组 http://www.douban.com/group/circos/

2011-6-15更新：