高通量测序应用最新技术与数据分析

北京中科云畅应用技术研究院

                                                    CCATRI-07-18720                             

  关于举办“高通量测序应用最新技术与数据分析”培训通知

 

尊敬的     :

随着众多生物基因组测序项目的完成,生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据,已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。为进一步推动我国生物信息学方面的发展,提高从业人员的技术水平,由北京中科云畅应用技术研究院举办“高通量测序应用最新技术与数据分析”高级培训班,并由北京中科润开生物科技有限公司具体承办,具体事宜通知如下:

 

一、课程特点:

1、系统介绍科研项目如何从大思路着眼进行海量数据挖掘;

2、结合各大项目实践经验,详细介绍多种数据分析软件的使用方法;

3、经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案;

4、理论课与实践课相结合,讲师与学员研讨的方式进行;

5、精心挑选相应的上机软件,为每位学员提供实际操作的机会;

6、课下主讲老师为您所遇到的瓶颈问题提供个性化解答。

 

二、培训对象:

大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。

 

 

 

三、时间地点:       2018年7月20日——7月24日    昆明 (西双版纳大厦)

 

                             (时间安排:第1天报到,授课4天)

 

 

 

四 、培训内容

  

 

    章节

   内 容

 

 

 

 

 

 

 

 

7.21

第一天

生物信息学介绍

生物信息学介绍与前沿技术动态

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3900元/人

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

  1. 新物种的基因组测序的意义
  2. 基因组从头测序技术路线
  3. 数据获得与处理
  4. 基因组基本分析

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

  1. 转录组基本分析
  2. 基因组比较分析
  3. 数据挖掘与生物功能

4、基因组文章构思的关键基本共识

 

微生物基因组学

 

1、微生物基因组研究概况

  1. 微生物基因组的特点

3微生物基因组研究的意义

  1. 原核生物转录组学研究
  2. 单个基因组分析流程

6、泛基因组分析流程

宏基因组/宏转录组的应用

 

7.22

第二天

Linux命令简介

  1. Linux背景介绍
  2. 常用命令
  3. 权限管理
  4. 进程查看等

R语言基础以及ggplot2绘图

  1. R语言基本介绍
  2. R语言基本运算、向量函数
  3. R语言数据读入以及导出
  4. ggplot2基本绘图 (条形图、散点图、折线图等)

7.23

第三天

使用R语言进行生物信息学相关的分析

 

1、高通量测序RNA-seq数据的格式、质量值计算、优缺点

2、无参考基因组-数据拼接软件介绍

3、表达量计算软件介绍

上机操作实习:

(i)利用bioconductor包EdgeR进行差异基因分析

(ii)利用bioconductor包degeR进行差异基因分析

(iii)利用热图进行聚类分析

(iv)GO、KEGG等功能聚类分析及用perl语言实现

BioEdit、WEGO等常用生物软件介绍

 

7.24

第四天

生物信息学专业常用工具及绘图方法

  1. 利用fastQC进行质量评估
  2. BLAST简单介绍
  3. 微生物基因组圈图(CGview, OGdraw)
  4. 功能注释(KEGG(KAAS),Islandviewer,ARDB)
  5. 进化树分析(模型评估,进化树构建,注释)MEGA
  6. 泛基因组学分析(PanGP)

 

 

 

 

 

 

 

900元/人

生物信息学专业常用工具及绘图方法

1、Perl语言入门

2、基因组大小评估

3、基因组拼接质量评估

(i) N50统计

(ii) 根据比对结果统计深度和覆盖度

(iii)碱基GC含量等信息统计

4、基因结构预测结果展示和提取

(i)GFF文件介绍

(ii)GFF内容提取

5、使用circos绘制基因组圈图

 

五、主讲专家:

中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室 胡松年老师,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。

 

六、关于证书学员经培训考试合格后可以获得:

  1. 由北京中科云畅应用技术研究院颁发的生物信息培训班结业证书。
  2. 注:请学员提供身份证复印件一张

 

  • 报名办法及费用:

     前三天课程费用3900元/人,为必选。最后一天课程900元/人,可按照需求选择,四天课程共4800,选择全部课程可优惠500元,优惠后价格4300元(含报名费、培训费、资料费、等相关费用)食宿统一安排,费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训,各单位也可直接报名参加,报名回执表请邮件回复至会务组。微信:a15222686823

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