- CRISPR-Cas9 screening identified lethal genes enriched in necroptosis pathway and of prognosis significance in osteosarcoma.
（CRISPR-Cas9筛选确定了在骨肉瘤中富集于坏死途径和具有预后意义的致死基因。）
发布日期 : 2023-07-08
作者 :Cheng Ling , Xiong Wei , Li Song , Wang Gao , Zhou Jie , Li Haoguang
期刊 :JOURNAL OF GENE MEDICINE
摘要：背景：本研究旨在使用CRISPR-Cas9筛选的方法，识别与肿瘤细胞活力相关的不可或缺的基因，可能为骨肉瘤患者提供新的治疗靶点。
方法：肿瘤和正常组织之间的转录组比对来自Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments dataset，与CRISPR-Cas9筛选技术筛选的与细胞活力相关的基因比对。采用京都基因和基因组百科全书和基因本体论分析来确定与致死基因相关的富集途径。采用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归构建与致死基因相关的风险模型，用于预测骨肉瘤的临床结果。采用单因素和多因素Cox回归分析来评估该特征的预后价值。采用加权基因共表达网络分析来确定与高危评分患者相关的模块。
结果：本研究共鉴定出34个致死基因。这些基因在坏死途径中富集。基于LASSO回归算法的风险模型将高危评分患者与低风险评分患者进行区分。与低风险患者相比，高危患者在训练组和验证组中的总生存率均较短。1年、3年和5年的受试者工作特征曲线显示，风险评分具有较好的预测性能。坏死途径是高危组和低危组之间生物学行为的主要差异。同时，CDK6和SMARCB1可能作为检测骨肉瘤进展的重要靶点。
结论：本研究开发了一个预测模型，优于经典临床病理参数预测骨肉瘤患者的临床结果和确定特定的致死基因，包括CDK6和SMARCB1，以及坏死途径。这些发现可能作为未来骨肉瘤治疗的潜在靶点。
原文链接：DOI :10.1002/jgm.3563
- Protocol for generating monoclonal CRISPR-Cas9-mediated knockout cell lines using RNPs and lipofection in HNSCC cells.
（在HNSCC细胞中使用脂质体转染RNP复合物的方法生成基因敲除单克隆细胞系的方案。）
发布日期 : 2023-07-08
作者 :Geyer Fabian , Geyer Maximilian , Klapproth Sarah , Wolff KlausDietrich , Nieberler Markus
期刊 :STAR PROTOCOLS
摘要：CRISPR-Cas9是一项强大的工具，可以精确的进行基因组编辑。在这里，我们提出了一种使用脂质体转染核糖核蛋白复合物（RNPs）的CRISPR-Cas9方法，在贴壁的HNSCC细胞生成单克隆敲除（KO）细胞系的方案。我们描述了选择合适的引导RNA和引物设计的步骤，引导rna（gRNA）的制备，在HN细胞中用脂质体转染RNP复合物，以及有限稀释，得到单克隆细胞株的过程。然后，我们详细介绍了DNA的纯化和PCR鉴定单克隆KO细胞系的过程.
原文链接：DOI :10.1016/j.xpro.2023.102366
- A Lab-on-a-Tube Biosensor Combining Recombinase-Aided Amplification and CRISPR-Cas12a with Rotated Magnetic Extraction for Salmonella Detection.
（一种结合重组酶辅助扩增和CRISPR-Cas12a的Lab-on-a-Tube生物传感器，然后用旋转磁提取鉴定沙门氏菌的方法。）
发布日期 : 2023-07-08
作者 :Wu Shangyi , Yuan Jing , Xu Ai , Wang Lei , Li Yanbin , Lin Jianhan , Yue Xiqing , Xi Xinge
期刊 :MICROMACHINES
摘要：背景：食源性致病菌威胁全球公共卫生，迫切需要简单的细菌检测方法。在此，我们建立了一种用于简单、快速、灵敏、特异性检测食源性细菌的生物传感器。
方法：使用可旋转Halbach圆柱磁铁和磁性硅珠（MSBs）简单有效地提取和纯化目标细菌的DNA，重组酶辅助扩增（RAA）与CRISPR-Cas12a相结合扩增DNA并产生荧光信号。首先，离心15 mL的细菌样品，用蛋白酶裂解菌球，释放目标DNA。然后，随着试管的间歇性旋转，并均匀地分布在Halbach圆柱体磁铁内的铁丝网上，形成DNA-MSB配合物。最后，用RAA扩增纯化DNA，用CRISPR-Cas12a检测.
结果：该生物传感器可定量检测沙门氏菌，牛奶样本花费75 min，检测下限为6 CFU/mL。100CFU/毫升沙门氏菌产生的荧光信号超过2000 RFU，而10000CFU/毫升李斯特菌、蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌O157：H7作为非目标细菌，信号小于500RFU（与阴性对照相同）。
结论：这个Lab-on-a-Tube生物传感器集成了细胞裂解，DNA提取，和RAA扩增RAA放大过程至一个15 mL管，简化操作，避免污染，适合低浓度沙门氏菌检测.
原文链接：DOI :10.3390/mi14040830
- Combined proteomics and CRISPR‒Cas9 screens in PDX identify ADAM10 as essential for leukemia in vivo.
（在PDX中结合蛋白质组学和CRISPR Cas9筛选，确定ADAM10是体内白血病的必要条件。）
发布日期 : 2023-07-08
作者 :Bahrami Ehsan , Schmid Jan Philipp , Jurinovic Vindi , Becker Martin , Wirth AnnaKatharina , Ludwig Romina , Kreissig Sophie , Duque Angel Tania Vanessa , Amend Diana , Hunt Katharina , Öllinger Rupert , Rad Roland , ...... Herold Tobias , Jayavelu Ashok Kumar , Jeremias Irmela
期刊 :MOLECULAR CANCER
摘要：背景：急性白血病是一种致死性恶性肿瘤，需要有更好的治疗方法。作为一个挑战，但是，很多治疗方法会被保护休眠白血病干细胞的微环境抵消。
方法：我们对从小鼠中分离的少量休眠患者来源的异种移植（PDX）白血病干细胞进行了深度蛋白质组分析，以识别关键的表面蛋白。候选靶标，使用CRISPR Cas9筛选，在PDX模型中进行鉴定.
结果：ADAM10蛋白被确定为一个对白血病细胞在体内生存和增长必须的单个，用PDX模型证实其脱落酶活动的相关性。翻译的重要性、分子或药理靶向ADAM10可以降低PDX白血病负担，细胞归巢小鼠骨髓干细胞的频率，增加白血病体内常规化疗的反应。
结论：这些发现确定ADAM10是未来治疗急性白血病的一个有吸引力的治疗靶标。
原文链接：DOI :10.1186/s12943-023-01803-0
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