R学习笔记之GEO数据的下载

R包的安装

Rstudio安装BiocManager包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")

要从GEO数据下载数据，需要使用GEOquery包，安装BiocManager后，我们需要把GEOquery加载进来

library(GEOquery)

注：不能单单安装GEOquery,以上代码都要。

数据的下载

我以GEO下载GSE199775和GPL17021的数据为例子，代码如下：

gse0<-getGEO("GSE199775")
gpl0<-getGEO("GPL17021")

好了，他就会自己下了。