Ubuntu 20.04 服务器安装 R / RStudio / RStudio Server

​记录：笔者是一名计算机菜鸟，但是最近在一位同济老师的指导下进行一个生信相关的项目（单细胞水平的基因表型分类相关），原本是在本地的电脑上进行，但复现一篇NC上的文章代码，发现一个case竟然吃那么大的内存，因此从本地的台式机上转而想在Ubuntu服务器中安装R，可以拥有更大内存的CPU。而这篇文章是记录自己学习R的第一篇记录，主要描述如何在学校的服务器- Ubuntu 20.04 上安装 R / RStudio / RStudio Server，也鼓励自己认真学习。

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1. R / RStudio / RStudio Server 简单理解

R： R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具[^1]，另外生信分析中常常使用R。
RStudio：RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。
RStudio Server：RStudio Server是网页版的RStudio，它的灵活性更强，在部署在远程服务器上后，可在本地计算机上通过浏览器随时随地完成R语言的工作。

2. Ubuntu 20.04 安装 R

• R官网 https://www.r-project.org/

• 点击 download R 进入下载界面

• 选择Ubuntu中的源镜像，我选择的是下拉->中科大的源镜像 China https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ （稍后步骤中有Ubuntu更改源镜像的方法）

• 选择 Download R for Linux (Ubuntu)

• 本页面看的不太理解，但页面中 see the full README 似乎介绍了不同Ubuntu版本下载R的方法略有不同，而我的服务器是Ubuntu 20.04，因此需要选择Focal Fossa的。接下来，将按照几个步骤安装R

• 添加GPG密钥（关于GPG密钥我并不了解，但根据网上的相关博客给出的代码直接运行便没有问题，之后要将该内容认真了解）
  -sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

• 根据 see the full README 中介绍，需要在 /etc/apt/sources.list路径文件中添加一条语句，因为服务器为Ubuntu 20.04版本，所以页面中已经注明了选择Focal Fossa类型的语句deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/，网上相关博客和资料有很多种打开文件以及添加语句的方法，以下列出两种（我使用了第一种），任选其一进行添加即可：
  方法一：
  手动打开source.list文件添加（我使用的中科大源）

  • sudo vi /etc/apt/sources.list（手动打开source.list文件）
  • 在文件最末尾手动添加：deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ ，然后使用 Esc :wq 保存及退出（因为镜像源已经换为中科大源，所以这条语句做了修改）

  方法二：
  运行脚本自动更换source.list文件中镜像源和在文件中自动添加语句（我使用的中科大源）

  • sodu sed -i 's/\/\/.*\/ubuntu/\/\/mirrors.ustc.edu.cn\/ubuntu/g' /etc/apt/sources.list （改变镜像源）
  • sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/（这里直接自动添加了官方给的语句，我没有尝试和更多了解，应该是也可以的）
     

• 换源和添加语句之后，运行脚本sudo apt-get update对source.list文件进行一次更新

• 接着运行两条安装脚本：
  -sudo apt-get install r-base
  -sudo apt-get install r-base

• 安装成功，在终端输入 R 测试得到以下界面便可以啦:
  
  总结，GPG密钥->source.list文件添加源及对应语句->sudo apt-get update进行更新->执行安装脚本

3. Ubuntu 20.04 安装 RStudio（Desktop）

• 在R安装成功的基础上，安装RStudio将简单的多。这部分说的是RStudio (Desktop)，即RStudio桌面版（不同于Server）。首先，RStudio官网下载界面https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
• 可以选择免费版(Free)RStudio Desktop：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
• 选择Ubuntu 20.04 版本支持的安装文件下载，将下载得到的deb格式文件保存在Ubuntu某个路径下
  
• 在终端进入deb格式文件路径下执行安装脚本：
  • sudo apt-get install gdebi-core（似乎是安装deb文件的一种安装工具）
  • sudo gdebi -n rstudio-2022.02.1-461-amd64.deb （对应刚刚下载的deb文件）

注，如果服务器中没有安装图形操作界面，似乎下载的RStudio Desktop打不开的，所以可以安装下面的RStudio Server，通过在本地电脑上的浏览器访问Ubuntu服务器里面的RStudio Server进行各种操作实验

4. Ubuntu 20.04 安装 RStudio Server

• 在上面的基础上，安装RStudio Server将非常简单的多。这部分说的是RStudio Server，同样，在下载界面https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download，我选择了免费版（Free）
  

• 选择Debian/Ubuntu系统支持的版本：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

• 官网的页面中给出了具体的安装命令，直接执行即可：

  • sudo apt-get install gdebi-core（已安装可忽略）
  • wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.deb （通过网络下载的Server版本的deb文件）
  • sudo gdebi rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.deb（执行安装命令）

• 安装成功Server版本后可以通过本地电脑的浏览器进行访问：

  • 打开浏览器，地址栏输入：http://你的Ubuntu服务器ip:8787（8787 为Rstudio Server 默认的兼听端口，可以自己配置）
  • 正常打开后需要输入用户名密码，用户名密码为Ubuntu服务器用户名密码

• 浏览器进入界面显示（进入后实验操作和Desktop版本一样）：