云南地跨长江、珠江、红河、澜沧江（湄公河）、怒江（萨尔温江）、独龙江（伊洛瓦底江）六大水系。长江水系金沙江沟通长江干流直达长江三角洲；珠江水系右江、南盘江沟通珠江干流，最终流向广东、香港、澳门等地；元江（红河）水系由红河哈尼族彝族自治州河口口岸出境后经越南河内注入北部湾；澜沧江（湄公河）水系由西双版纳傣族自治州关累口岸出境后经老挝、缅甸、泰国、柬埔寨、越南注入中国南海。怒江（萨尔温江）水系由德宏傣族景颇族自治州芒市的南信河口出境后经缅甸注入印度洋东北部的安达曼海；伊洛瓦底江流域，有数条微小的支流发源于德宏景颇族傣族自治州内（大盈江、瑞丽江等），发源不久后即出境进入缅甸。云南出省通道中，金沙江—长江通道涉及四川， 水富港至宜宾高等级航道建设涉及珍稀鱼类保护，右江—珠江通道涉及广西；出境澜沧江—湄公河通道涉及老缅泰三国、红河通道涉及越南、中缅伊洛瓦底江陆水联运通道涉及缅甸。
2020 年，云南全省通航里程达5108.5公里，拥有12个港口，216个泊位。航道等级构成：三级航道14公里，四级航道1711.3公里，五级航道364.9公里，六级以下航道3018.3公里。
资料积累：
2022年水富港吞吐量突破1000万吨。
富宁港，随着2027年百色枢纽通航工程完工，有望达到预期。
景洪(关累)港，2022年9月17日，停航2年之久的关累港恢复通江达海新航程。澜沧江-湄公河流经中国青海、西藏、云南三省区和缅甸、老挝、泰国、柬埔寨、越南五国，是“一江连六国”的黄金水道。2000年，中、老、缅、泰四国政府代表签订《澜沧江—湄公河商船通航协定》，2021年正式开展国际航运。澜沧四级航道升级改造工程起于秀山码头(嘎里古渡)上游2公里，止于澜沧江中缅244界碑；跨越临沧、普洱、版纳三个地州澜沧江流域，全长387公里。2022年底基本完工。
红河(元江)发源于云南大理州境内的龙虎山，为越南北部最大的河流，在越南首都河内分支流入太平洋的北部湾地区。红河全长1280公里，在云南境内达695公里。古代元江—红河成为重要的贸易、交通通道，在清朝末年达到高峰。蔓耗为红河航道起点，但目前已断航，越南自越池以下通航。
怒江是中国云南地区的一条大河，其下游进入缅甸之后叫做萨尔温江，注入印度洋，全长3240公里，中国境内2013公里。云南发改委2022年回复：萨尔温江长约1284公里，枯水期水量小，且多急流险滩，航线开发较为困难，其中一段是缅甸和泰国的界河，从出海口缅甸毛淡棉往上游约90公里可以通航，大船无法通过怒江—萨尔温江水运直达印度洋出海口，目前不具备国际通航条件。另有一说下游通航里程不足160公里，主要用来浮运柚木。因为萨尔温江流经山区，不利航行。2016年1月25日报道云南将停止一切怒江小水电开发，推动怒江大峡谷申报国家公园，使之成为旅游天堂。
伊洛瓦底江是缅甸第一大河，纵贯缅甸中部，全长约2288公里。其河源有东西两支，东源叫恩梅开江，发源于中国境内察隅县境伯舒拉山南麓（中国云南境内称之为独龙江），西源迈立开江发源于缅甸北部山区。独龙江东南流经云南贡山独龙族怒族自治县西境，然后折转西南，进入缅甸，过贾冈南流，称恩梅开江，两江在密支那城以北约50公里处的圭道会合后始称伊洛瓦底江。伊洛瓦底江是缅甸内河运输的大动脉，自密支那以下1730公里间可通航，八莫（克钦邦）至仰光1280公里航道可通航500-1000吨。
目前出海方案：
1.陆水联运：腾冲猴桥口岸经缅甸甘般蒂口岸到密支那（克钦邦），经过中缅隧道，距离约100公里，现状为腾猴高速公路终点，无铁路。
2.陆水联运：瑞丽章风(拉影)口岸直达缅甸八莫，距离约80公里，现状通杭瑞、瑞陇高速及大瑞铁路(在建)。
3.瑞丽江水水中转/陆水联运：瑞丽江发源于腾冲县境高黎贡山西侧，流经遮放境内一段又称遮放河，到弄岛镇榕棒旺附近汇入南碗河，出境后在伊尼瓦（因育瓦）附近注入伊洛瓦底江。从源头至芒市河汇合处称为龙川江（龙江），全长257.1公里；从芒市河口以下至伊尼瓦(因育瓦)之间称为瑞丽江。由芒市河汇合处至南碗河口一段长70余公里，其中26公里左右流经中缅两国村寨间。自南碗河口至伊尼瓦（因育瓦）下游一段长约200公里，全在缅甸境内。现状可行摆渡，不通航。中国瑞丽至缅甸八莫公路，起于瑞丽市弄岛镇雷允南畹桥，途经缅甸芒允、界堤、木当阳、芒西至八莫，全长105公里，按四级公路标准建设，包括四个口岸通道（雷允通道、小榕畔通道、丙冒通道、芒滚通道）。
4.弄岛—八莫(水运出海)、孟定清水河—腊戌铁路建设，形成瑞丽／木姐—曼德勒、曼德勒—内比都—仰光、内比都—皎漂段公路/铁路通道。
5.铁路联运：大瑞铁路东起云南省大理市，西至中缅边境城市瑞丽市，全长330公里，分段建设。大理至保山段于2022年7月22日如期建成通车。大保段全长133公里，连接大理市和保山市，设计时速140公里，为国家I级单线电气化铁路。因地质条件极为复杂，大瑞铁路高黎贡山隧道施工难度大，保瑞段尚未建成，后期规划建设中缅瑞丽—木姐—曼德勒铁路。预计瑞丽-腊戎铁路全长130.396公里，境内4.119公里，新建标准轨122.274公里，米轨4.003公里，腊戎为换装站接入缅甸米轨铁路网。
6.滇缅铁路延伸：二战期间规划建设了滇缅米轨铁路，现今腊戎、密支那均通车，滚弄无铁路，现今无法接入云南铁路网。2020年12月30日，大临铁路通车运营，北起大理站，南至临沧站，全长201千米，终点临沧火车站距离孟定清水河口岸尚有200公里。