程序判断滤波有一个潜在的隐患，在连续两个以上采样周期收到干扰后，系统可能会不稳定。因此，程序判断滤波只能在基本上没有干扰的场合下采用，它只能滤除极个别偶发的毛刺型干扰。
在干扰频繁的情况下，可以采用中值滤波算法来处理，该算法的描述是：连续进行奇数次采样，然后将采样得到的数据样本进行排序，取中间的数据样本作为有效采样值。由于收到干扰的采样值偏离有效采样值，排序后必然处于两端的位置，只要收到干扰的采样数据样本个数小于总采样数据样本数目的一半，就可以确保中值采样样本的有效性。
假设采集系统采用uCOS-II操作系统，则程序可有：
int Samp[60]; //保存有效样本数据的数组
void TaskSamp(void * pdata) //采样任务函数
{
char i,j,k,n;
int R[6]; //连续采样的数据数组
for(n=0;n<60;n++) //完成60个有效数据的采样
{
for(i=1;i<=5;i++) //每个有效样本需要进行5次连续采样
{
R[i]=SampAdc();
OSTimeDly(2); //延时40ms，系统节拍周期为20ms
}
for(i=1;i<=3;i++) //进行选择排序，只需排除前3名即可
{
k=i;
for(j=i+1;j<=5;j++)
if(R[j]<R[k])k=j;
if(k!=i)
{
R[0]=R[i];
R[i]=R[k];
R[k]=R[0];
}
}
Samp[n]=R[3]; //取中值作为有效样本
OSTimeDly(2990);
}
OSTaskCreat(TaskSend,(void*)0,&TaskSendSTK[TaskStk-1],6);//创建发送任务
OSTaskDel(OS_PRIO_SELF);
}
中值滤波本质上也是低通滤波，由于毛刺型突发干扰为高频干扰，故可以被很好地滤除。由于中值滤波进行N次采样才输出一次有效值（即采样输出比N:1），抗突发干扰能力比程序判断滤波要提高很多，能够在干扰比较频繁的场合正常使用。