前300-200年，第一批的马来人迁往菲律宾群岛。
前2世纪后半期，叶调国（又译耶婆提）位于今天的爪哇岛，一说苏门答腊，或兼指爪哇、苏门答腊二岛。
131年，叶调国曾遣使东汉。
412年，法显带了多部梵本典籍从狮子国取海路回国，途中遇风暴，曾在耶婆提国登陆。
3～7世纪，还出现受印度文化影响西爪哇的达鲁曼（达鲁玛）、中爪哇的诃陵和东加里曼丹的古泰等。
5世纪，佛教开始传入，经过长达3个世纪左右的斗争，佛教取代婆罗门教的地位。
7世纪中叶，室利佛逝在苏门答腊的巨港兴起，中国宋代以后史书称之为三佛齐。是信奉大乘佛教的海上强国。
671 年，中国唐代高僧义净取海道前往印度学习佛法，曾在此学习梵语和佛教理论，从印度取经回来后，继续留此从事翻译和著述多年。
7世纪后期，先征服末罗游和海峡对岸的邦加岛，接着又试图征服控制巽达海峡的多罗摩古国。
775年，三佛齐进一步扩张至马来半岛的六坤地区，控制马六甲海峡，后控制水陆咽喉——克拉地峡。
856年，夏连特拉最后失败,王子逃往苏门答腊，继承三佛齐王位。
992年，东爪哇国王穆罗茶，遣使朝贡。当时穆罗茶王已统一爪哇岛，势力扩展到巴哩岛、渤林邦，爪哇政治中心从中爪哇转移到东爪哇。并和苏门答腊岛上的三佛齐国交战。东爪哇国兵败,国王穆罗茶（Dharmvamca）被杀。三佛齐势力扩展入爪哇岛。
10世纪末，三佛齐受到伊夏纳王国（中国史籍称作阇婆，其政治中心在爪哇东部）的挑战。
10世纪，民都洛岛上有一个麻逸国。
991年，伊夏纳曾派兵攻打三佛齐。
1006年，三佛齐摧毁伊夏纳首都。
1017年，三佛齐遭到注辇（即南印度朱罗国）的袭击。
1025年，注辇大举进犯三佛齐本土及其在苏门答腊和马来半岛的各属邦，三佛齐的国力从此大受削弱。此后，马来群岛西部属三佛齐势力范围，东部则属爪哇王国势力范围。
12世纪，在班乃岛上出现了最早的巴郎盖联盟--“马迪亚斯”。
13世纪，来自苏门答腊岛的米南加保人迁到苏禄岛上，并于1390年建立了苏禄苏丹国。
13世纪初，三佛齐仍然控制着马六甲和巽达海峡的两岸地区和海上贸易。
1290年，东爪哇新柯沙里王国（信诃沙里国）将三佛齐逐出爪哇。
1292年，元军登陆爪哇，联合克塔纳伽拉的女婿克塔拉亚萨攻打信诃沙里国叛将贾亚卡特望，灭信诃沙里国，随后反戈打退元军，统一爪哇，建立满者伯夷（明称/元称麻偌巴歇）。满者伯夷被称之为最显赫的印度教王国，满者伯夷曾一度统治了今天印度尼西亚西部的大部分地区。三佛齐各属邦的分崩离析，马来半岛北部各港口为新崛起的暹国（素可泰王朝）所侵夺。
1370、1381年，满者伯夷（信奉印度教）两次向明朝遣使朝贡。
1377年，满者伯夷征服三佛齐。
1401-1406年，间王族内部爆发的一连串争夺王位的内战，大大削弱了王国的力量，原先的属国纷纷独立。马六甲海峡的控制权则为马六甲王国所夺。
1402年，马来亚半岛马六甲苏丹王朝建立，明史中称为满剌加国，其王城即是如今的马六甲市，王朝全盛时期的国土范围覆盖泰国南部至苏门答腊西南部。开国者拜里米苏拉原为室利佛逝巨港（现今印尼苏门答腊）东南区域的王子，永乐元年拜见明成祖，得册封为为满剌加国王。
1405年，郑和下西洋，巡莅菲律宾群岛，奉永乐帝诏书封许柴佬（福建晋江深沪运伙人）为吕宋总督，统揽该国军、政、财、文大权。
1408年，文莱国王麻那惹加那乃曾于访问中国，后逝世并安葬于南京。
1417年，苏禄群岛上的三位国王率领家眷前来中国访问，受到永乐帝隆重接待。同年，苏禄东王在取道山东归国途中病故于德州，敕建苏禄王墓；长子督马含率众回国继位，王妃葛木宁及次子温哈喇、三子安都鲁和侍从十余人留居德州守墓。
14世纪，文莱伊斯兰教君主国从爪哇的控制下摆脱出来。
1450年，出生在马来西亚柔佛的阿拉伯商人艾布伯克尔在菲律宾群岛上建立强大的伊斯兰政权，伊斯兰势力延伸到巴西兰岛、巴拉望岛、三宝颜的南部海岸地区以及婆罗洲、棉兰老岛等地。
1478年，满者伯夷的首都被新兴的伊斯兰教封建主攻陷，从此成为一个地方性的小王国，苟延到1520年，为淡目王国所灭。
16世纪，马来群岛出现一系列穆斯林王国。主要有东爪哇的淡目王国（后为马打蓝），西爪哇的万丹王国，苏门答腊的亚齐王国，苏拉威西的哥阿王国等。
1511年，葡萄牙殖民者占领马六甲，苏丹马末沙逃至柔佛民丹岛，称柔佛王朝。
1521年，苏门答腊北方的亚齐王朝独立，因商人避葡萄牙高额关税取道苏门答腊西岸经巽他海峡而兴盛。
1521年，麦哲伦探险队于地理大发现首次环球航海时抵达此地。
1526年，葡萄牙摧毁民丹岛。
1528年，马末沙驾崩，其长子阿拉乌丁二世定都旧柔佛，其兄弟苏丹穆沙法沙则远赴霹雳建立新王朝。
1521-1546年，淡目王国由国王特仑干诺统治，号称苏丹，建立于东爪哇麻喏巴歇王国的故土上，占有了东爪哇和中爪哇的大部分地方。后来由巴章的领主阿弟维查雅上台执政，改称巴章王国。
1547年，亚齐对葡萄牙人发动强大进攻，几乎攻陷马六甲。亚齐同葡萄牙的斗争持续到1575年。
1564年，西班牙在宿务建立第一个殖民据点，此即西班牙统治菲律宾的开始。菲律宾之名，乃自当时的西班牙国王菲利普二世而来。
1564年，亚齐进攻柔佛王国，掳走苏丹，摧毁柔佛城。
1568年，万丹摆脱淡目王国的控制而独立。万丹王国位于爪哇西部。
1571年，西班牙占领马尼拉，1572年征服吕宋岛。
1574年，中国海盗林凤率战舰六十二艘，水手二千人，士卒二千人南下吕宋，进攻马尼拉，遭到西班牙与明朝的联合围攻。
1582年，巴章王国的原有属地——马打蓝灭巴章王国。马打蓝王国在苏丹阿贡统治时期（1613～1645年）成为强大的伊斯兰教国家。
1596年，荷兰人霍特曼率领的一支荷兰船队到达爪哇岛的万丹。
1600年，英国东印度公司成立。
1602年，荷兰东印度公司成立。
1603年，荷兰在爪哇建商站。
1603年，西班牙在马尼拉对华人的第一次大屠杀，被害者两万五千多人；导火索是因误以为“吕宋机易山产金银”，万历派遣张嶷等赴吕宋，引起西班牙人的疑心。
1605年，荷兰征服盛产香料的马鲁古群岛中的安汶岛、帝利岛。
1607-1636年，伊斯坎达尔·幕达在位，亚齐的势力达到高峰，取得马来半岛的胡椒和锡产地。
1619年，攻占爪哇岛上的雅加达，命名巴达维亚，作为荷兰东印度公司在东方的总部。
1629年，亚齐进攻马六甲，为葡萄牙、柔佛和北大年的联合舰队所败。
1639年，西班牙的第二次大屠杀，致使吕宋岛华侨基本上绝灭。
1662年，西班牙的第三次大屠杀，据推测被杀害的华侨不下25000人。
17世纪40年代，柔佛乘机向西亚克和英德拉基利扩张。
17世纪60年代，米南加保逐步挣脱亚齐的羁绊，马来半岛诸国由于得到荷兰的支持也摆脱亚齐的控制。
17世纪末，亚齐对胡椒贸易的控制也被荷兰打破。
1699年，柔佛苏丹遭海军元帅刺杀，马六甲苏丹王朝血统断绝，首相继位，开创了柔佛首相王朝。
1726年，雍正四年，苏禄国王遣使到清廷朝贡。
1731年，雍正九年，根据东王后裔入籍中国的请求，摺奏清廷，题定以温、安二姓入籍中国，成为中华大民族中的一员，东王后裔迄今已传至21代。
1740年，荷兰人在巴达维亚，组织了一场骇人听闻的对华侨的屠杀——红溪事件。
1754年，苏禄国王上表请以苏禄国土地、丁户编入中国版籍，乾隆帝婉言谢绝。
1762年，西班牙人对华侨实行第4次大屠杀，遇难华侨近2万人。
1786年，英国侵占槟榔屿。
1799年，荷兰东印度公司解散后殖民地被荷兰政府接管，史称荷属东印度。
1819年，英国人支持柔佛新苏丹胡先，租借新加坡。
1824年，英国与荷兰签署英荷条约，苏丹胡先统治的柔佛本土（包括新加坡）归英国人，苏丹阿都拉曼穆阿占沙掌控的廖内群岛范围则划归荷兰，至此柔佛首相王朝一分为二。
1826年，英国（英属东印度公司）整合在马来亚的三个直辖的港口属地新加坡、槟城和马六甲，组成海峡殖民地，首府初设槟城，1832年迁往新加坡。
1834年，西班牙殖民政府宣布马尼拉成为自由港。
1851年，西班牙侵占和乐岛，清朝与苏禄王国的交往遂告中断。
1855-1877年，在英国人持下，柔佛天猛公王朝取得统治权。
1862年，菲律宾牧师发起教会菲化运动。
1866年，登基的苏丹阿布巴卡，后来被称为现代柔佛之父。
1867年，英国殖民地部正式接管海峡殖民地，总督驻守于新加坡。十年内一些马来半岛西海岸的马来州属也同时被英殖民者控制。海峡殖民地的商人都希望英政府介入马来半岛产锡州属的内政。华侨党派的纷争及内战使英政府采取了有利于商人的炮舰政策。
1874年，《邦咯条约》最终掀开了英殖民者的权力扩张。由彭亨，雪兰莪，霹雳及森美兰州组成的马来联邦（非马来亚联邦）为英总督们所管辖，这些总督听令于驻在新加坡的海峡殖民地总督。其他的马来半岛的州属被称为马来属邦，不直接属于英殖民者，但州内都驻有英参政司。
1873年3月，荷兰派远征军入侵亚齐，抗荷斗争，长达30年之久。
1882年，沙巴被英国北婆罗公司统治。沙巴曾被苏禄王朝统治。英籍的布洛克家族则管辖拥有大片森林的砂劳越州，被称“布鲁克王国”（得到美英的承认），1888年，文莱沦为英国的保护国。
1892年，菲律宾的资产阶级革命家博尼法西奥组织了名为“卡蒂普南”的秘密革命组织，策划革命和武装斗争。
1897年，阿奎纳多夺取了菲律宾革命的领导权，12月和西班牙殖民政府签订“破石洞协议”同意放下武器，出走香港。
1898年4月，美西战争爆发；5月阿奎纳多搭乘美军舰返抵菲律宾，6月宣告了菲律宾独立宣言。9月，起义军召开革命议会，通过了宪法。
1899 年1 月，菲议会通过马洛洛斯宪法，菲律宾共和国宣告成立。2月西班牙把菲律宾群岛割让给美国，历时三年之久的菲美战争爆发。
1901年，阿奎纳多被美军俘虏，宣布投降，菲律宾陷入美国的殖民统治。
1908年，在爪哇成立至善社（又译崇知社）。
1912年，印度尼西亚伊斯兰联盟和1914“东印度社会民主联盟”相继成立,“东印度社会民主联盟”中的激进派参加伊联工作，使“伊斯兰联盟”发展为民族统一战线组织。
1913年，亚齐沦为荷兰殖民地。
1920年，“东印度社会民主联盟”改名为东印度共产主义联盟。
1926年，共产党人领导印度尼西亚民族大起义，但遭血腥镇压。
1926年，苏加诺在万隆创立研究俱乐部,1927年7月成立印尼民族主义联盟,苏加诺任主席。
1942年3月，日本军队侵占印尼，荷兰殖民当局投降。为了拉拢有影响的民族主义者作为政治工具，日本把苏加诺从流放地接回。
1942年，菲律宾被日本占领；二战结束后再次沦为美国殖民地。
1945年8月15日，日本无条件投降，印尼人民发动八月革命宣布独立，苏加诺当选总统。
1946年7月4日，美国被迫同意菲律宾独立。
1946年，英国解散海峡殖民地，新加坡成为独立的一个直辖殖民地；而槟城与马六甲便和马来联邦四州及另五个马来属邦合组为马来亚联邦。布鲁克家族则将沙捞越转归于英国。
1947年，签订的“军事基地协定”，确认美国在菲保留军事基地并享有治外法权。
1950年8月15日,苏加诺正式宣布成立统一的印尼共和国。但各种政治力量之间的斗争使国内政局动荡不定,内阁更换频繁。
1955年，29个亚非国家在印尼召开万隆会议，发表著名的万隆十项原则。
1955～1972年菲律宾力图发展经济和消除殖民主义经济结构，采取发展进口替代工业的政策，本国工业有了一定程度的发展，但由于缺乏资金，经济发展满足不了就业的需要，尤其是农业生产落后，粮食不能自给。
1957年，马来亚独立，马来半岛的马来亚联邦。
1959年，新加坡取得自治地位。
1959年，文莱与英国协定，规定国防、治安和外交事务由英国管理，其他事务由文莱苏丹政府管理。
1963年，马来西亚成立，国家包括马来亚、新加坡、沙巴和砂劳越。
1965年，新加坡（无奈被迫）退出。
1965年，马科斯当选菲律宾总统。
1965-1967年，全印尼的排华浪潮中，至少有30万华人死亡。
1968年，苏哈托正式就任总统。
1971年，除外交事务和部分国防事务外，文莱恢复行使其他所有内部自治权。
1976年，印尼军队侵入东帝汶，把东帝汶“并入”印尼版图。
1984年1月1日，英国放弃了其掌握的文莱外交和国防权力，文莱宣布完全独立。
1986年，马科斯统治结束出走夏威夷，阿基诺夫人就任菲律宾总统。
1998年，印度尼西亚再次爆发大规模的有组织的排华事件“5月暴动”。
2002年5月20日，东帝汶正式独立建国。