Liquid/Solid Surface-02

Liquid/Solid Surface-02

建模参考的文献：Liquid/Solid Surface-01

建模软件：Moltemplate; Lammps;

辅助软件：Python

可视化软件：VMD, 相关命令参考VMD使用

源文件都上传到仓库的example里面了，有需要的可以参考。

git clone https://github.com/YuanbaoQiang/LAMMPS_TOOLBOX.git

Liquid Modeling

Modeling in Moltemplate

力场参数：Liquid/Solid Surface-01中的SKS UA力场

联合原子 $CH_2$：ch2.lt

联合原子 $CH_3$：ch3.lt

力场文件： forcefield.lt，可参考2-bead polymer built by moltemplate_forcefield.lt（example file）

聚合物单链：polymer.lt

额外用到了Python:

polymer_bond.py #定义键

polymer_dis.py #定义原子位置

54条聚合物：system.lt

moltemplate.sh system.lt		#moltemplate运行命令

Relaxation in Lammps

文件：system.in, 弛豫过程参考moltemplate导出模型密度控制2.0，注意这次我的边界条件是s s s

Wall Modeling

EAM file：Ni_u3.eam

in文件：in.wall

mpirun -np 6 lmp_mpi < in.wall		#运行命令

Hybrid Process

in文件：hybrid.in，书写可以参考组合模型构建

Ni-Ni LJ Potential

$\epsilon/k_B=7658.54 \ K$	KaTeX parse error: Can't use function '\r' in math mode at position 1: \̲r̲ ̲A
$\epsilon=15.22 \ kcal/mol$	KaTeX parse error: Can't use function '\r' in math mode at position 1: \̲r̲ ̲A

Chirita, V., and B. A. Pailthorpe. “Molecular Dynamics Simulation of the Ni(001) Surface.” Thin Solid Films, vol. 208, no. 1, 1992, pp. 149–152.

Ni-UA Combining

Ni与联合原子之间采用Lorentz-Berthelot原则，可以参考Combining rules

Relaxation Process

*.data From VMD

混合之后polymer和wall会有重叠， 拿vmd移动一下polymer，然后导出data文件。

导出文件：vmd.data

PE Relaxation Process

文件：relax01.in #让PE在壁面及盒子边界范围内弛豫。

Applied Force on The Upper Wall

只有在这个过程我以及后续的滑移过程我会采用p p s边界。

文件：relax02.in #以一定压力进行下压