直到3.6.0版本，所有以前的版本唯一的格式二进制格式，现在这种格式被默认经典格式。在3.6.0版本一种新的二进制格式被引进，64—bit offsets，这种格式给用户创建更大的数据库。在4.0.0版本，第三种二进制格式被引进，HDF5格式。从这个版本开始，netcdf数据库可以用HDF5作为基本的格式之一。（只有用netcdf-4创建的HDF5格式的文件才能被netcdf-4识别）
默认条件下，netcdf使用经典模式，若要使用64-bit offsets 以及HDF5格式，需要在创建文件时候进行参数设置。为了网络的透明（独立于机器）netcdf经典和64-bit offsets 格式是像对XDR为代表的外部的补充。这种代表提供了独立于机器编码流的数据编译方式，极大的补充了计算机用8位连续的编译的方式。IEEE754 浮点指针标准作为浮点指针数据的标准。
如何选择格式
面对三种不同的文件格式，创建数据文件时候需仔细考虑选择合适的数据格式。文件一旦创建，其格式即固定。当打开存在的netcdf文件，netcdf库透明的检测格式，并适应之。然而， netcdf数据库在3.6.0版本以前不能势识别64-bit offsets，4.0版本之前不能读取netcdf4-hdf5文件。因此用户应在最大情况下使用经典格式，分发数据。当选择64-bit offset或者netcdf-4 文件格式，c程序应该用flag NC——64BIT—OFFSET 或者NC—NETCDF4在nc_creat函数创建的时候。在fortran同理。
netcdf经典格式
netcdf的初始格式的特在是用在文件头用4个位。所有的这类文件格式都有 “CDF\001”在文件头。这种格式的文件被默认经典格式。这种经典格式被广泛地被以前的版本使用，具有最大的可移植型，至今还是netcdf默认的文件格式。对于某些用户各种2GiB格式限制是一个问题；对于某些用户，64-bit offset 是合适的选择，这种格式极大的缓解了netcdf经典格式的大小的限制。64-bit offsets 以“CDF\002”为文件头。
netcdf-4 格式
在4.0版本，netcdf包含了另外一种新的格式HDF5.netcdf-4文件格式提供了例如组、复合类型，变量长度数组、新的未分配大小的整型、I/O并行接口等等新的特性。这些新的特性在以往的文件格式是不能用的。netcdf-4文件需要netcdf编译的时候“--enable-netcdf-4”，并且要求安装HDF51.8.0以上的版本。对于目前的netcdf-4.0发行的版本，netcdf-4特性只支持c和fortran 接口。