pandas 缺失值、重复值的处理与值的替换

一、删除缺失值

在进行数据分析和建模的过程中,我们80%的时间往往花在数据准备上:加载、清理、转换、处理和重新排列。为了提高这一过程的效率,Pandas提供了一系列的高级、灵活和快速的工具集,配合Python语言内置的处理功能,可以满足绝大多数场景下的使用需求。

Pandas中,使用numpy.nan标识缺失值,在打印的时候,经常以空字符串、NA、NaN、NULL等形式出现。Python内置的None值也被当作缺失值处理。但合法的缺失值只有NaN和None,另外一些我们自己定义的缺失值不属于语法上的,比如你将-999看作缺失值。

在Pandas中, None和NaN的区别:

  • None被看作一个object对象,需要消耗更多的资源,处理速度更慢。不支持一些数学操作,因为None+数字是错误的语法。很多时候None会自动转换成NaN。
  • NaN是float64类型,虽然名字叫做‘不是一个数’,但却属于数字类,可以进行数学运算不会报错,虽然所有和它进行计算的最终结果依然是NaN。它的运算速度更快,还支持全局性的操作。

以下是主要的缺失值处理方法:

  • dropna:删除缺失值
  • fillna: 用某些值填充缺失的数据或使用插值方法(比如ffill\bfill)
  • isnull:判断哪些值是缺失值,返回布尔
  • notnull:isnull的反函数

通常使用dropna方法滤删除缺失值,默认它不直接修改数据,而是返回一个新对象。如果想原地修改,举一反三,请尝试inplace参数:

In [12]: from numpy import nan as NA  # 导入惯例
In [13]: s = pd.Series([1, NA, 3.5, NA, 7])
In [14]: s
Out[14]:
0    1.0
1    NaN
2    3.5
3    NaN
4    7.0
dtype: float64
In [15]: s.dropna()  # 本质上就是把缺失值删除
Out[15]:
0    1.0
2    3.5
4    7.0
dtype: float64
In [16]: s[s.notnull()]  # 等同于上面的操作
Out[16]:
0    1.0
2    3.5
4    7.0
dtype: float64

在处理DataFrame对象的缺失值的时候,可能会复杂点。无法删除df的单个元素,只能整行整列的删除,dropna默认情况下会删除包含缺失值的行!为什么呢?因为DataFrame对象的每一行数据,在实际中,相当于一个样本,大量的样本中删除了一条,关系不大。但DataFrame对象的每一列相当于大量样本中共同的某个特征的值,如果删除了一个特征,那么对整个样本集的影响非常大。

In [20]: df = pd.DataFrame([[1, 6.5, 3],[1, NA, NA],[NA, NA, NA],[NA, 6.5,3]])
In [21]: df
Out[21]:
     0    1    2
0  1.0  6.5  3.0
1  1.0  NaN  NaN
2  NaN  NaN  NaN
3  NaN  6.5  3.0
In [22]: df.dropna() # 只剩1行了
Out[22]:
     0    1    2
0  1.0  6.5  3.0
In [23]: df.dropna(how='all') # 只将整行都是缺失值的删除
Out[23]:
     0    1    2
0  1.0  6.5  3.0
1  1.0  NaN  NaN
3  NaN  6.5  3.0
In [24]: df[4] = NA  # 新增一列全是缺失值
In [25]: df
Out[25]:
     0    1    2   4
0  1.0  6.5  3.0 NaN
1  1.0  NaN  NaN NaN
2  NaN  NaN  NaN NaN
3  NaN  6.5  3.0 NaN
In [26]: df.dropna(axis=1, how='all') # 指定以列的形式删除
Out[26]:
     0    1    2
0  1.0  6.5  3.0
1  1.0  NaN  NaN
2  NaN  NaN  NaN
3  NaN  6.5  3.0

注意上面axis和how参数的用法。

还可以通过thresh参数设置行或列中非缺失值的最小数量,在此数量以下的将被删除。

二、补全缺失值

所有数据都是宝贵的,大多数时候,我们不希望丢弃原始数据,而是补全缺失值。

fillna是补全缺失值的方法,为它提供一个固定值即可:

In [31]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(7,3))
In [32]: df
Out[32]:
          0         1         2
0 -0.229682 -0.483246 -0.063835
1  0.716649  1.593639 -1.364550
2 -1.362614  1.628310 -1.617992
3  1.128828 -1.120265 -0.657313
4  1.078143  1.136835 -0.427125
5  0.441696  0.219477  0.695700
6 -0.501183  1.453678 -2.734985
In [33]: df.iloc[:4, 1] = NA
In [35]: df.iloc[:2, 2] = NA
In [36]: df
Out[36]:
          0         1         2
0 -0.229682       NaN       NaN
1  0.716649       NaN       NaN
2 -1.362614       NaN -1.617992
3  1.128828       NaN -0.657313
4  1.078143  1.136835 -0.427125
5  0.441696  0.219477  0.695700
6 -0.501183  1.453678 -2.734985
In [37]: df.fillna(0)
Out[37]:
          0         1         2
0 -0.229682  0.000000  0.000000
1  0.716649  0.000000  0.000000
2 -1.362614  0.000000 -1.617992
3  1.128828  0.000000 -0.657313
4  1.078143  1.136835 -0.427125
5  0.441696  0.219477  0.695700
6 -0.501183  1.453678 -2.734985

也可以提供一个字典,为不同的列设定不同的填充值。

In [38]: df.fillna({1:1, 2:2})
Out[38]:
          0         1         2
0 -0.229682  1.000000  2.000000
1  0.716649  1.000000  2.000000
2 -1.362614  1.000000 -1.617992
3  1.128828  1.000000 -0.657313
4  1.078143  1.136835 -0.427125
5  0.441696  0.219477  0.695700
6 -0.501183  1.453678 -2.734985

当然,fillna也不会原地修改数据,如果你想,请使用inplace参数:

In [39]: _ = df.fillna(0, inplace=True)
In [40]: df
Out[40]:
          0         1         2
0 -0.229682  0.000000  0.000000
1  0.716649  0.000000  0.000000
2 -1.362614  0.000000 -1.617992
3  1.128828  0.000000 -0.657313
4  1.078143  1.136835 -0.427125
5  0.441696  0.219477  0.695700
6 -0.501183  1.453678 -2.734985

也可以使用ffill和bfill这种插值法填充缺失值:

In [41]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(6,3))
In [42]: df.iloc[2:, 1]=NA
In [43]: df.iloc[4:, 2]=NA
In [44]: df
Out[44]:
          0         1         2
0 -0.858762  0.083342 -0.315598
1 -0.211846  0.076648  1.188298
2 -0.513364       NaN  0.079216
3  0.398399       NaN -0.290225
4 -1.375898       NaN       NaN
5  0.932812       NaN       NaN
In [45]: df.fillna(method='ffill') # 使用前一个值进行填充
Out[45]:
          0         1         2
0 -0.858762  0.083342 -0.315598
1 -0.211846  0.076648  1.188298
2 -0.513364  0.076648  0.079216
3  0.398399  0.076648 -0.290225
4 -1.375898  0.076648 -0.290225
5  0.932812  0.076648 -0.290225
In [46]: df.fillna(method='ffill',limit=2)  # 限制填充次数
Out[46]:
          0         1         2
0 -0.858762  0.083342 -0.315598
1 -0.211846  0.076648  1.188298
2 -0.513364  0.076648  0.079216
3  0.398399  0.076648 -0.290225
4 -1.375898       NaN -0.290225
5  0.932812       NaN -0.290225
In [47]: df.fillna(method='bfill')  # 后向填充此时无效
Out[47]:
          0         1         2
0 -0.858762  0.083342 -0.315598
1 -0.211846  0.076648  1.188298
2 -0.513364       NaN  0.079216
3  0.398399       NaN -0.290225
4 -1.375898       NaN       NaN
5  0.932812       NaN       NaN

其实使用fillna有很多技巧,需要大家平时多收集多尝试,比如使用平均值来填充:

In [48]: s = pd.Series([1, NA, 3.5, NA, 7])
In [49]: s.fillna(s.mean())
Out[49]:
0    1.000000
1    3.833333
2    3.500000
3    3.833333
4    7.000000
dtype: float64

三、删除重复值

原始数据中,往往包含大量重复的行,需要我们删除,让数据集更健康。

In [51]: df = pd.DataFrame({'k1':['one','two']*3 + ['two'], 'k2':[1,1,2,3,3,4,4]})
In [52]: df  # 最后一行是重复的
Out[52]:
    k1  k2
0  one   1
1  two   1
2  one   2
3  two   3
4  one   3
5  two   4
6  two   4
In [53]: df.duplicated()  # 
Out[53]:
0    False
1    False
2    False
3    False
4    False
5    False
6     True
dtype: bool
In [54]: df.drop_duplicates()
Out[54]:
    k1  k2
0  one   1
1  two   1
2  one   2
3  two   3
4  one   3
5  two   4
In [55]: df # 并没有改变原数据
Out[55]:
    k1  k2
0  one   1
1  two   1
2  one   2
3  two   3
4  one   3
5  two   4
6  two   4

上面,使用duplicated方法判断各行是否有重复,并返回一个布尔值Series。然后使用drop_duplicates方法将重复行删除,留下那些不重复的。

如果想指定根据某列的数据进行去重判断和操作,可以指定列名:

In [56]: df['v1'] = range(7)
In [57]: df
Out[57]:
    k1  k2  v1
0  one   1   0
1  two   1   1
2  one   2   2
3  two   3   3
4  one   3   4
5  two   4   5
6  two   4   6
In [58]: df.drop_duplicates(['k1'])
Out[58]:
    k1  k2  v1
0  one   1   0
1  two   1   1

默认情况下都是保留第一个观察到的值,如果想保留最后一个,可以使用参数keep='last':

In [59]: df.drop_duplicates(['k1','k2'], keep='last')
Out[59]:
    k1  k2  v1
0  one   1   0
1  two   1   1
2  one   2   2
3  two   3   3
4  one   3   4
6  two   4   6

四、替换值

可以使用replace将pandas对象中的指定值替换为别的值:

In [77]: df = pd.DataFrame(np.random.randint(12,size=(4,3)))
In [78]: df
Out[78]:
   0  1   2
0  4  5  10
1  3  0   3
2  7  7   4
3  6  4   4
In [79]: df.replace(4, NA)  # 将4替换为缺失值
Out[79]:
     0    1     2
0  NaN  5.0  10.0
1  3.0  0.0   3.0
2  7.0  7.0   NaN
3  6.0  NaN   NaN
In [80]: df.replace([3,4], NA) # 将3和4都替换为缺失值
Out[80]:
     0    1     2
0  NaN  5.0  10.0
1  NaN  0.0   NaN
2  7.0  7.0   NaN
3  6.0  NaN   NaN
In [81]: df.replace([3,4], [NA,0]) # 3和4分别替换为缺失值和0
Out[81]:
     0    1     2
0  0.0  5.0  10.0
1  NaN  0.0   NaN
2  7.0  7.0   0.0
3  6.0  0.0   0.0
In [82]: df.replace({3:NA,4:0})  # 参数的字典形式
Out[82]:
     0    1     2
0  0.0  5.0  10.0
1  NaN  0.0   NaN
2  7.0  7.0   0.0
3  6.0  0.0   0.0

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