项目型的测试组织是指测试人员作为项目成员之一紧密地结合到项目中，与项目组其他人员紧密合作，一般是从头到尾跟着项目走。最终报告的对象都是项目经理，因此项目经理是负责测试资源调配和测试计划的主要人员。
而职能型的测试组织是指测试人员参与到项目中是以独立的测试部门委派的方式进入。一个测试人员有可能不仅仅测试一个项目的产品，可能会同时测试多个项目产品。测试人员也可能不是长期稳定地从头到尾参与同一个项目，最终报告的对象是自己所在的部门经理。
这两种方式各有利弊。项目型的好处是测试人员参与的力度很强，能深入了解项目方方面面的信息，有利于稳定持续有效地测试出更多细节问题，但是同时也有弊端，就是测试人员受项目负责人的管理，在对待Bug的处理意见上往往受到约束，同时由于过于亲密，很可能出现“网开一面”，不能严格要求的情况。并且由于缺乏独立的组织，测试人员的知识可能局限在项目组内传播，不利于测试经验在不同项目之间的传播。
职能型的好处是能避免项目型的部分问题，并且能节省部分测试资源，充分利用各个项目阶段之间的时间差来合理利用测试资源，但是也不可避免存在一些问题，例如，深入程度不够，尤其是对项目涉及的领域知识和业务知识理解可能不够深入，导致测试的问题比较表面。
一个理想的软件测试组织可以是综合和兼容了几种结构方式的组织，测试部门的测试人员分为常规项目测试人员和专项测试人员。常规项目测试人员即参与到项目组中的测试人员，专项测试人员一般由性能测试工程师、自动化功能测试工程师、界面及用户体验测试工程师、安全测试工程师等负责专门测试领域的人员构成，这些测试资源在项目发生专门的测试需求时，被调到项目组，与常规项目测试人员一起工作，重点是解决专项的测试问题。还可以根据需要设置专门的培训中心，负责对测试人员的内部培训，负责收集和整理各个项目的测试经验和测试知识。