非上市公司确定持有方式相对来说比较简单，激励对象与创始人股东往往已建立信任关系，常常以兄弟姐妹相称，大家不会特别关注持有方式，甚至有的股权激励计划也停留在口头承诺上，没有签订协议，企业董事会、股东会以创始人为中心，一切决议由创始人决定。但股权激励毕竟是大事，还须落实在书面上，对于相关的关键因素还是要有明确的界定，其中就包含持有方式。在非上市公司中，常见的持有方式有以下几种。
（1）直接持有。激励对象获得股份后进行工商变更，在公司章程中，股东列表上显示激励对象的姓名和所持有股份，变成法定股东，拥有股东的完全权益。这是非常正规的方式。
（2）间接持有。这里所谓的“间接持有”是指不是由激励对象直接持有企业的股份，激励对象在企业的股东名册中没有显示，而是与其他激励对象一起通过合伙企业或有限责任公司而持有企业的股份。这也就是前文所述的双层股权结构，这种方式可以通过分红权、增值权与表决权的分离而使创始人股东不失去对企业的控制权。目前，设立合伙企业来作为股权激励的持股平台已经是非常常见的方式，设立合伙企业的好处是不仅不会降低创始人股东的表决权，而且当出现激励对象变更时操作更简单，只需在合伙企业内部通过变更合伙协议就可以完成，免除对公司做工商变更等烦琐手续，并且激励对象通过合伙企业间接持有公司的股份不会增加激励对象的税收，丝毫不影响激励对象的收益。在合伙企业法规颁布之前，也有的公司设立有限责任公司间接持有公司的股份，但是设立有限责任公司间接持股有一个重大缺陷，就是在股份退出时，有限责任公司需要先缴纳企业所得税，然后将收益分配给激励对象时，激励对象还要缴纳个人所得税。双层纳税，导致激励对象的收益大打折扣。所以，目前已经很少有企业设立有限责任公司作为持股平台。另外，有限责任公司股东都是以其个人出资为限承担有限责任，而合伙企业的设立要有一名普通合伙人，俗称GP，GP需要承担无限连带责任。有限责任公司和合伙企业都是以50名股东或合伙人为上限，如果激励对象较多并且大家都希望股份在个人名下，设立股份有限公司作为持股平台也是一个选项。股份有限公司发起人股东的上限为200人，但是也面临双层纳税问题。
（3）代持方式。激励对象获得的股份由其他人代为持有，在公司章程中的股东名册上不显示该激励对象，这个代持人在多数情况下是创始人。在具体实施时，代持人给激励对象写个书面说明，表明个人名下的多少股份属于激励对象所有。也可能只做出一个口头承诺，但口头承诺往往存在风险，如果企业发展超出大家意料，几年时间后公司评估价格很高，此时有些创始人股东会开始反悔，认为当年承诺的股份太多了，激励对象不应该获得如此高的股份权益。代持的另外一个风险是，当企业面临IPO前改制时，代持股份无法以代持的理由而直接划转给激励对象，根据被代持人实名制的规定，只能由代持人转让，而由于公司此时的公允价值很高，转让会面临高额的税收，从而使代持人和被代持人陷入困难境地。
在代持方式中，有一种非常正规的代持方式，即委托信托公司持有激励股份，类似下文阐述的上市公司信托持股。
（1）直接持有。激励对象获得股份后进行工商变更，在公司章程中，股东列表上显示激励对象的姓名和所持有股份，变成法定股东，拥有股东的完全权益。这是非常正规的方式。
（2）间接持有。这里所谓的“间接持有”是指不是由激励对象直接持有企业的股份，激励对象在企业的股东名册中没有显示，而是与其他激励对象一起通过合伙企业或有限责任公司而持有企业的股份。这也就是前文所述的双层股权结构，这种方式可以通过分红权、增值权与表决权的分离而使创始人股东不失去对企业的控制权。目前，设立合伙企业来作为股权激励的持股平台已经是非常常见的方式，设立合伙企业的好处是不仅不会降低创始人股东的表决权，而且当出现激励对象变更时操作更简单，只需在合伙企业内部通过变更合伙协议就可以完成，免除对公司做工商变更等烦琐手续，并且激励对象通过合伙企业间接持有公司的股份不会增加激励对象的税收，丝毫不影响激励对象的收益。在合伙企业法规颁布之前，也有的公司设立有限责任公司间接持有公司的股份，但是设立有限责任公司间接持股有一个重大缺陷，就是在股份退出时，有限责任公司需要先缴纳企业所得税，然后将收益分配给激励对象时，激励对象还要缴纳个人所得税。双层纳税，导致激励对象的收益大打折扣。所以，目前已经很少有企业设立有限责任公司作为持股平台。另外，有限责任公司股东都是以其个人出资为限承担有限责任，而合伙企业的设立要有一名普通合伙人，俗称GP，GP需要承担无限连带责任。有限责任公司和合伙企业都是以50名股东或合伙人为上限，如果激励对象较多并且大家都希望股份在个人名下，设立股份有限公司作为持股平台也是一个选项。股份有限公司发起人股东的上限为200人，但是也面临双层纳税问题。
（3）代持方式。激励对象获得的股份由其他人代为持有，在公司章程中的股东名册上不显示该激励对象，这个代持人在多数情况下是创始人。在具体实施时，代持人给激励对象写个书面说明，表明个人名下的多少股份属于激励对象所有。也可能只做出一个口头承诺，但口头承诺往往存在风险，如果企业发展超出大家意料，几年时间后公司评估价格很高，此时有些创始人股东会开始反悔，认为当年承诺的股份太多了，激励对象不应该获得如此高的股份权益。代持的另外一个风险是，当企业面临IPO前改制时，代持股份无法以代持的理由而直接划转给激励对象，根据被代持人实名制的规定，只能由代持人转让，而由于公司此时的公允价值很高，转让会面临高额的税收，从而使代持人和被代持人陷入困难境地。
在代持方式中，有一种非常正规的代持方式，即委托信托公司持有激励股份，类似下文阐述的上市公司信托持股。