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1、支持的平台不一样
cocostudio目前的版本只能在windows下面使用（ps：据说mac版也正在开发之中，所以未来一段时间也可能会有mac版本），而cocosbuilder版本目前只能在mac下使用，所以你可以根据自己目前手里的机器的操作系统来决定使用哪款软件。
2、UI体系不同
cocosbuilder是对cocos2dx本身控件的一些封装，比如基本的CCLayer、CCNode、CCLabelTTF、CCControlButton等控件都可以在cocosbuilder中看到，在程序中，你需要引用ccbi文件，你只需要拿到这些对象的引用即可在程序中设置他们的属性，以及添加一些监听。
但是cocostudio则不然，它封装了自己的一套UI体系，比如出现了UITextButton、UILabel、UIButton等控件，这些控件与cocos2dx中原生的控件不尽相同，所以在程序中使用的时候，起初你会觉得不太适用，仿佛进入了另一种编程环境。但是个人觉得如果你熟悉了之后，还是蛮好用的。
3、开发团队
cocostudio是由cocos2dx作者支持的团队，个人觉得后期cocostudio将是主流。
4、bug
cocostudio目前只有1.0版本，所以其中存在为数不少的bug，并且文档欠缺，而cocosbuilder则相对较为成熟，其中的bug不少太多，文档也比较多。
