比如，要让一个js文件打开时编码格式为UTF-8，需要做2件事情：1）设置js文件的默认编码格式为UTF-8；2）设置workspace的编码格式为UTF-8。
设置js文件的默认编码格式为UTF-8
在Windows->Preference页面中，选择General->Content Types
在右边的框中，选择Text->Javascript，将下面的Default Encoding改为utf-8
设置workspace的编码格式为UTF-8
在Windows->Preference页面中，选择General->WorkSpace
选择右侧框中的Text File encoding，改为utf-8
设置完这2处，默认打开js文件就是UTF-8编码了
字体的设置一般在菜单栏Window-->Preferences...-->>General-->Appearance-->Colors and Fonts
在eclipse工作区环境下,一个文件的编码最终确定遵循如下规则(优先级从高到底):
1.文件本身的物理设置(第一优先级), 通常是有如下途径:
a. 文件输出时writer编码的设定.
b.用户通过文件属性页的自定义编码设置
c.文件内容本身属性的设置,例如jsp资源文件,文件内容中的charset属性的值(配合对应编辑器完成,但是对于含BOM的文件例外)
2.content-type文件内容类型扩展注册时候提供的默认编码(第二优先级)
更详细信息可以参见org.eclipse.core.runtime.contentTypes扩展点声明信息
说明:关于content-type对应的默认编码信息可以通过 Windlow->Preferences->General->Editors->File Associations->Content Types进行设定
3.工作区默认编码设置(第三优先级)
更详细信息可以参见file.encoding参数说明
通过上面的规则说明,我们可以看出来,决定一个文件在eclipse工作区中的编码可以在不同的层面采取相应的措施:
以创建一个新的文件为场景,我们可以采取的方式如下:
writer编码的明确设定
文件内容的设定(例如上面提到的jsp文件中的charset属性)
修改特定文件类型对应的org.eclipse.core.runtime.contentTypes扩展注册的默认编码
编程的方式操作content-type对应的perference值
设置工作区的file.encoding
特别说明:
关于writer默认使用的charset和file.encoding设置的关系,请参加另外一篇豆腐块文章
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由于每次重装的时候都要去配置一下eclipse，虽然可以将workspace放置在非系统盘（主要是保存workspace下面的.metadata文件夹，该文件夹包括所有的eclipse配置和插件）
和导出配置（才知道eclipse支持这个功能，方法：File - Export - General - Preferences，
参考：http://zhidao.baidu.com/question/68335372 ），但还是有遗漏的时候，改编码等尤其繁琐～
注：使用export的方法貌似无法导出插件，只有备份.metadata文件夹或者备份插件程序了。
*修改编码包括全局编码和项目编码两种方式：
1.对于项目编码，可以查看其Properties（或选中项目后按Alt+Enter），在Properties中的第一个属性Resource用于设置文本（Text file，包括Java源文件等，所以需要设置项目中Java类的编码可以在此设置）的编码，可以选择继承容器（eclipse）的配置，也可以为项目单独设置。
2.对于项目编译级别，同样在项目的属性中Properties - Java Compiler。如果你的多个项目的运行环境不同，或者目标服务器的JDK版本不一致，可以打开单个项目的特殊设置（Enable project specific settings）。这样就可以保证项目之间相互不会影响。
3.对于JSP文件头部定义，可以在Properties - MyEclipse - JSP Fragments中将Language改为java，将Content Type改为text/html。
4.全局设置均在Window - Perferences中。对于全局的Java源文件编码设置可以在Gerenal - Content Types - Text - Java Source File - Default encoding处指定，设定后点击Update即可生效。其他文件如XML、JSP、properties文件均可在此设置。另外，在Gerenal - Workerspace中也有个设定文本编码的选项，可能是针对工作空间来说的，对项目源文件并没有影响。另外，在Window - Perferences - MyEclipse - Files and Editors中还可以设置JSP和javascript js文件的编码。
*经过上面的设置后，Java源文件的编码会立即改变（project会重新build），下次新建文件的时候Java、Jsp、js文件都将以新设定的编码方式存储。
参考：http://lj6684.iteye.com/blog/473157 ，http://tyzqqq.iteye.com/blog/498042
引用：
不知道如何解决默认安装完是GBK的问题，难道一定要用英文操作系统？
myeclipse6.0下怎么样统一全部文件编码：
windows---->preferences---->myeclipse---->file and editors----->jsp--->把这个目录下的encoding选为你要设置的编码(如UTF-8)
这样,你下次再新建一个JSP页面的时候就默认是以你刚才设置的编码了
因为默认情况下新建一个JSP页面的编码是ISO8859-1的,是不能存中文的,要存中文就得手动改为GBK,UTF-8支持中文的编码,每次新建都要修改手动修改一次编码就很麻烦.
经过上面的设置后就可以统一整个项目的编码而不用再手动设置.
Window -> Preference -> Content types
推荐将Web相关文件的编码都设置为UTF-8
2. Java源文件编码修改方式
Window -> Preference -> Workspace -> Text file encoding
Windows平台默认为GBK，Linux平台默认为UTF-8
关于JSP页面中的编码解释
1. pageEncoding="UTF-8"
是指JSP页面保存时使用的编码方式，也就是JSP文件保存在硬盘上所使用的编码方式
2. charset="UTF-8"
是指JSP页面输入输出使用的编码方式，很多服务器在没有找到pageEncoding时，有charset代替pageEncoding