群体步骤记录

1、指控

nohup sh 00.分析命令与脚本/01fastq质量控制/01批量fastp.sh -i 01.rawdata  -o 02.cleandata -n 6 &

 2、比对

sh  00.分析命令与脚本/03CallVariantsPerSample/01HaplotypeCaller.sh -i 02.cleandata/ -o 03.mapped_bam/ &

3、GATK

nohup sh 00.分析命令与脚本/03CallVariantsPerSample/01HaplotypeCaller.sh -i 03.mapped_bam/ -o 04.gvcfs_per_sample/ -n 5 -t 4 &