生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件:

1-生物信息学:导论与方法  北大\10 生物信息数据库及软件资源

一个优秀的生信开发者能够解决如下问题:

  • 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题?
  • 如何将该问题转化为一个可计算的问题?
  • 如何提出一个解决此问题的算法?
  • 如何实现该算法?
  • 如何评估算法?

生信工具使用者需要解决如下问题:

  • 每个方法解决的是哪个生物学问题?
  • 该方法有哪些基本的假设?
  • 每个参数是什么意思,都是用来干什么的?
  • 准确度评估,sensitivity and specificity,tradeoff,应该追求哪一个?
  • 生物学问题和方法的局限性?

生信资源的分类:

  • 集中资源&独立资源
  • 数据库&软件工具
  • 原始数据库&二级数据库
  • 命令行工具&网页服务器工具

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NCBI

EBI

UCSC Genome Browser:基因组浏览器,表达调控、变异数据,track,ENCODE 非编码元件(计划)

集中资源

NCBI

EBI

UCSC

链接

DatabaseToolsResource List(A-Z)

by topic 
by name

Table Browser 
Genome Browser

Tools

BLAST

BLAST、Exonerate、ClustalW2

BLAT、In-Silico PCR

Data Repository

GenBank、GEO、SRA

ArrayExpress、ENA、PDBe

ENCODE

DNA/Genome

Genome

Ensembl、Genomes

Ideogram、Recombination Rate、GC Content

DNA/Gene

Gene

Ensembl

UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes

RNA

RefSeq

Ensembl

mRNAs、ESTs、UniGene

Proteins

Protein, RefSeq、Conserved Domain

UniProt、InterPro、PRIDE

Expression

UniGene

Expression、Atlas

Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain

Regulation

Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS

Literature

PubMed

Ontology

Gene Ontology

Comparative Genomics

Taxonomy、HomoloGene

*Ensembl

Conservation、Neandertal

Variation

dbSNP、dbVar

*Ensembl

SNPs、DGV、RepeatMasker

Disease

OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar

GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs

独立资源

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癌症

DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data

DNAnexus完成世界上最大的泛癌症数据的重分析(附数据下载) - 基因慧

DNANexus:DNANexus专注于建立一个云计算服务器中的DNA数据库,然后以服务方式将该数据库提供给研究者和科学家。DNAnexus和谷歌开展技术合作,提供最为全面的DNA数据库,它可通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)下SRA的网站访问到这些DNA数据(2011年2月,NCBI曾宣布由于联邦政府削减经费支持逐步淘汰SRA)。

Cancer Genome Atlas:泛癌症基因组

The Cancer Genome Atlas:就是 TCGA 的全称,Atlas 古希腊的一个神

TCGA 官网   User Guides and Help

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转载自blog.csdn.net/u010608296/article/details/88845847
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