Python手册(Python Basics)--RPy2

rpy2

概述
IPython魔法接口(rmagic)

概述

Python是一种流行的通用脚本语言，而R(S/Splus语言的开源实现)是一种主要用于数据分析，统计和图形的脚本语言。rpy2 是一个嵌入在Python进程中的R接口.

pip install rpy2

子模块	说明
rpy2.rinterface	Low-level interface to R，Close to R’s C-level API.当速度和灵活性最重要时
rpy2.robjects	High-level interface,Based on the previous one.当易用性最重要时
rpy2.interactive	High-level interface,Largely based on rpy2.robjects.当注重交互式工作时
rpy2.rpy_classic	High-level interface，这是出于兼容性原因提供的，也是为了便于RPy-1.x迁移到RPy2。
rpy2.rlike	数据结构和函数，以模仿纯Python中的一些R特性和特性（无嵌入式R过程）。

IPython魔法接口(rmagic)

Rmagic
用于在ipython中与R进行交互式工作的Magic命令。％R和%% R分别是单行和单元格(cell)的magic命令。

Usage

要运行magics below,，先执行 %load_ext rpy2.ipython

%R [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-n] [-w WIDTH] [-h HEIGHT] [-p POINTSIZE]

[-b BG] [–noisolation] [-u {px,in,cm,mm}] [-r RES] [-c CONVERTER] [code [code …]]

%% R

In [10]: %%R
   ....: Y = c(2,4,3,9)
   ....: summary(lm(Y~X))

以通过用分号连接来执行多个R表达式

In [9]: %R X=c(1,4,5,7); sd(X); mean(X)
Out[9]: array([ 4.25])

默认情况下，在%% R模式下，没有任何内容返回到python
对象可以通过行中的-i -o标志在rpy2和python之间来回传递：

In [14]: Z = np.array([1,4,5,10])

In [15]: %R -i Z mean(Z)
Out[15]: array([ 5.])

In [16]: %R -o W W=Z*mean(Z)
Out[16]: array([  5.,  20.,  25.,  50.])

In [17]: W
Out[17]: array([  5.,  20.,  25.,  50.])

％Rpush and %Rpull
％Rpush [input] : pushes variables from python to rpy2
％Rpull [outputs outputs …] : pulls variables from python to rpy2

In [8]: X = np.array([4.5,6.3,7.9])
In [10]: %Rpush X
In [11]: %R mean(X)
Out[11]: array([ 6.23333333])

In [18]: _ = %R x = c(3,4,6.7); y = c(4,6,7); z = c('a',3,4)
In [19]: %Rpull x  y z
In [20]: x
Out[20]: array([ 3. ,  4. ,  6.7])

％Rget
%Rget output 从rpy2返回一个对象，可能是一个结构化数组（如果可能的话）。与Rpull类似，除了只接受一个参数并返回值而不是推送到self.shell.user_ns

In [3]: dtype=[('x', '<i4'), ('y', '<f8'), ('z', '|S1')]
In [4]: datapy = np.array([(1, 2.9, 'a'), (2, 3.5, 'b'), (3, 2.1, 'c'), (4, 5, 'e')], dtype=dtype)

In [5]: %R -i datapy
In [6]: %Rget datapy
Out[6]:
array([['1', '2', '3', '4'],
       ['2', '3', '2', '5'],
       ['a', 'b', 'c', 'e']],
      dtype='|S1')