三代技术的优缺点都很明显。
优点：读长比较长，对拼接类的应用有明显优势；
缺点：通量低，测序成本贵； 测序错误率高；
当然，如果 pacbio能持续优化它的缺点，这个技术的应用面肯定会不断拓宽。例如，他们最新版本的测序仪在测序通量和成本上都有明显的进步。我还是比较看好这个技术的。
这个技术是否选择使用，还是看研究目的：
1. 对于 de novo拼接为目的的研究，
例如：全基因组de novo ,转录组de novo ,拼接的质量（完整性、拼接正确性） 比 个别碱基的准确性更重要。
这个时候，三代测序技术还是有明显优势的。
2. 如果以定量为目的的研究，
例如 RNA-seq(表达谱)、CHIP-seq 等，我们关心的是利用reads 推算丰度信息，
这个时候，当然使用测序价格昂贵的三代技术 是毫无必要的。
3. 如果以检测小型突变（snp，indel）为目的的研究，例如，重测序，目前使用三代技术显然不靠谱。
在实际使用的时候，常常也会选择二、三代技术混合使用的策略，原因是：
1. 当然，目前pacbio 实在太贵了，在需要大数据的时候，存粹三代的数据也会导致成本太高，往往会选择二三代混合使用。
2. 两者各有优缺点，混合使用实现优势互补。
例如，大基因拼接的时候，会使用二代测序 + 三代测序的策略。
三代的pacbio的确对 de novo拼接的补洞有非常好的效果，但成本太高。
而二代技术测序便宜，同时二代测序的数据可以对三代的结果有纠错的作用。
如果你的转录组研究需要de novo，且对拼接质量有很高的预期，也可以考虑仅仅使用三代数据拼接（拼接处近似全长的转录本），但做定量的时候建议还是使用二代技术（便宜）。