胎儿头围自动测量-超声图像项目笔记

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一、临床问题

超声图像中胎儿头围是评估胎儿发育(评估胎儿体重的重要参数之一)的重要指标。

二、自动测量的意义

胎儿头围一般由医生手动进行椭圆拟合,费时费力,且存在较高的用户差异,导致胎儿发育诊断的偏差,特别是会导致分娩方式决定的错误。

三、任务目标

对头骨外边缘进行分割(下图高亮区域),对于分割结果进行椭圆拟合(红色椭圆),并基于象素物理大小计算椭圆周长(也即是头围长度)。

四、数据说明

(1)训练数据:包括250张头围图片,以及每张图对应的椭圆拟合线,以及每张图对应像素尺寸(医学图像是有物理大小的,也就是每个像素是有物理大小的),自己可以根据椭圆线填充生成训练的分割掩模。

(2)测试数据:50张头围测试图片;

 

五、算法步骤

将该问题视为图像分割任务,基于U-net网络,端对端进行训练,具体算法过程如下:

(1)根据椭圆线填充生成训练的分割掩模,如下。

(2)训练样本太少,进行数据扩增,一部分用作训练集,一部分用作验证集;

(3) 基于tensorflow框架复现论文U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation,实现U-net图像分割网络,进行端对端训练;

(4)测试

(5)后处理,去除噪声,具体步骤:填充空洞 -> 保留最大连通域 -> 与填充前图像点乘,保留分割区域边界 -> 再填充(因为前面一步可能产生空洞)-> 读取区域边界 -> 红线圈出边界

 

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