研究物种的系统进化关系的一些方法

1.《A novel fast vector method for genetic sequence comparison》：
（1）考虑嘌呤，嘧啶，酮，每两个为一个字母，共23=6个字母；
（2）每个字母有个数，位置，二阶距，形成18维向量；
（3）距离矩阵（欧式距离）；
（4）UPGMA建树；
（5）和Clustal比较
Supplementary information accompanies this paper at https://doi.org/10.1038/s41598-017-12493-2.
（包含所用的数据）
2.《A novel alignment-free vector method to cluster protein sequences》：
（1）蛋白质的三个性质the hydropathy index（正负性3个阿拉伯字 母） , the polar requirement（3个阿拉伯字母） and the chemical composition of the side chain（2个阿拉伯字母），共8个；
（2）每个字母有个数，位置，二阶距，形成24维向量；
（3）距离矩阵（欧式距离）；
（4）UPGMA建树；
（5）和Clustal比较
Supplementary material associated with this article can be found, in the online version, at ： 10.1016/j.jtbi.2017.06.002.
3.《Convex hull analysis of evolutionary and phylogenetic relationships between biological groups》：
（1）经典的12维向量（A C G T）;
（下面的目前还没看明白，但是很有趣，好像用了拓扑的知识）
4.《An information-based network approach for protein classification》：
**有一些句子：
（1）Some representatives of these methods are the natural vector method [10, 13, 14], protein map [8,9], K-string dictionary [11], and Yau-Hausdorff distance
（下面的目前还没看明白）
5.《A coevolution analysis for identifying protein- protein interactions by Fourier transform》：(yin changchun;yua,2016)
6.《Virus classification in 60-dimensional protein space》：
（1）每个氨基酸（20个）有3个分量：个数，平均位置，二阶距。共203=60维向量；
（2）Hausdorff距离，得距离矩阵