距离矩阵(暂存)

  1. 在生物信息学中,距离矩阵用来表示与坐标系无关的蛋白质结构,还有序列空间中两个序列之间的距离。这些表示被用在结构比对,序列比对,还有在核磁共振,X射线和结晶学中确定蛋白质结构。
  2. 基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略DSP+MEGA
  3. MEGA使用手册(没实验成功):
    https://wenku.baidu.com/view/900906f2f90f76c661371ad8.html
    导入距离矩阵:#序列格式/txt格式[1]#名字/测序图谱格式直接导入
    Pairwise Distance(遗传距离矩阵):Lower Left Matrix(下三角矩阵),Upper Right Matrix(上三角矩阵)
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    点击“choose model”:
    在这里插入图片描述
    点击“Compute Pairwise”:
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    Bootstrap(自展法检验)
  4. 系统发育树的构建:MEGA
    https://wenku.baidu.com/view/c9981373876fb84ae45c3b3567ec102de3bddf03.html
    (未实验成功)
  5. 用距离矩阵在mega建系统树的方法:
    步骤http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14101130.html
  6. 基于距离矩阵的进化树构建方法研究(硕士毕业论文)

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