PacBio RS II 测序系统原理
PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析，也不需要在测序之前对DNA样本进行放大，因为放大过程可能引发错误，导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中，给各种碱基加上荧光示踪标记，当碱基合成DNA链时，这些荧光标记就会发出不同颜色的闪光，根据闪光颜色就可识别出不同的碱基。
二、PacBio RS II 测序系统优势 ：
1、超长的测序读长：平均测序读长能达到3－5k碱基，最长的序列能达到20k碱基；
2、极端的准确率：对基因组组装和基因组变异检测，可以最多达到99.999%的准确率；选用特殊测序模式，测序准确率可以在达到单个分子99%准确率的条件下，读长超过经典的Sanger测序法；
3、极度的敏感性：可以检测频率在0.1%的 minor variants；
4、直接检测广泛的碱基修饰：除了5-methylcytosine修饰以外， 还可以检测N6-methyladenine, N4-methylcytosine, DNA氧化损伤 以及其它碱基的修饰.
5、最小的GC偏向性（GC bias）：在极端高GC和极端低GC区域，可以轻松测定，从而保证序列的均匀覆盖度；
6、无PCR扩增偏向性：样本不需要进行PCR扩增，避免了覆盖度不均一和PCR artifacts. PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析，也不需要在测序之前对DNA样本进行放大，因为放大过程可能引发错误，导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中，给各种碱基加上荧光示踪标记，当碱基合成DNA链时，这些荧光标记就会发出不同颜色的闪光，根据闪光颜色就可识别出不同的碱基。
二、Pacbio在动植物复杂基因组测序中的优势
(1)杂合基因组：杂合基因组主要指杂合率高于0.5%的二倍体基因组，如大部分水产类和昆虫等；
(2)高重复基因组：主要指重复序列比例高于50%的二倍体基因组，大部分林木；
(3)超大基因组：基因组大小大于3G，甚至是10G以上的物种，如两栖类，部分林木；
(4)多倍体基因组：如四倍体、六倍体植物等。