BWT表的双端匹配算法

问题：reference：CGTCT；     read：GTC；

由read的T开始去匹配，那么在bi-interval模型中他是怎么实现的呢？今天举例来具体复现一下。

先对reference取反：GCAGA

再对取反后的：reference颠倒位置：AGACG

reference 右移：

1. CGTCTAGACG
2. GCGTCTAGAC
3. CGCGTCTAGA
4. ACGCGTCTAG
5. GACGCGTCTA
6. AGACGCGTCT
7. TAGACGCGTC
8. CTAGACGCGT
9. TCTAGACGCG
10. GTCTAGACGC

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排序：

1. ACGCGTCTAG ~4
2. AGACGCGTCT~6
3. CGCGTCTAGA~3
4. CGTCTAGACG~1
5. CTAGACGCGT~8
6. GACGCGTCTA~5
7. GCGTCTAGAC～2
8. GTCTAGACGC~10
9. TAGACGCGTC~7
10. TCTAGACGCG~9

BWT表建立完毕，从read（GTC）的中间碱基T开始匹配，

其Bi-interval为：[9,1,2]。

Forward匹配：

进T右边的C，即：TC(GA)

其Bi-interval为：[10, 6,1]，根据算法更新的6。10为顺承更新。

进T左边的G，即：GTC(GAC)

其Bi-interval为：[8,6,1]

 

• 匹配规则说明

c()表存的是以ACGT为首的碱基在bwt表中的位置，具体来看就是：C(A)=1;C(C)=3;C(G)=6;C(T)=9;

O()表存的是从0位置到I(p)，有多少个a碱基。p表示上次匹配得到的碱基串，I(p)返回（1~10）范围内的一个位置。o表共有4*n个数据。