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使用冷冻老鼠切片构建三维的模型
使用软件（MATLAB+3Dslicer）
实验素材：老鼠的冷冻切片，我们有418张老鼠的冷冻切片，如果没有可以去斯坦福大学的官网上下载，那里的数据集比较的丰富。这里我只展示一下一张图片。
简述构建三维模型的方法：
- 首先我们使用MATLAB读取这里的418张照片，然后将其转化成灰度值图像，将这418张图片做成三维的矩阵。
- 这个三维矩阵里都是灰度值，我们将其转化成0~1之间的灰度值，由于老鼠周边是白色的老鼠组织接近黑色，我们可以将老鼠的颜色反相（越接近白色的我们设置成越接近黑色，只要将老鼠矩阵*（-1）+1就可以了）。
- 经过灰度值反相的老鼠的三维矩阵，我们进行接下来的处理，我们设定一个阈值比如0.65，将小于0.65的值设置成0相当于将老鼠的周边设置成黑色（这要是因为3Dslicer中灰度值为0即黑色周边不显示）。
- 然后将获得.mat进行边缘的检测，在进行相应的中值滤波可以得到比较完美的数字.mat数据。
- 使用将.mat数据转化成.nii数据。放入3Dslicer中，最后我们可以得到相应的老鼠切片的数据。
下面我们可以展示一下最终的结果：（由于我们的个人计算机，内存和计算量都不能太大，我截取了中间一小部分的数据进行相应的处理）
从图中，可以看出我们取出的胃的器官对应的原来的图片是黄色的器官，这主要是因为胃的器官和其他的器官相比，颜色变化比较的分明，这样我们就能够通过边缘检测得到胃的模型。
这里的方法并不是非常的完美，其他的器官没有和好的重构出来，后期会继续更新博客用来获得比较好的重构方法，来得到最优的重构效果。