全基因组选择中准确性的影响因素

文章目的: 比较全基因组选择中准确性的影响因素

https://www.researchgate.net/publication/326489349_Prediction_accuracies_of_genomic_selection_in_American_mink_a_simulation_study

主要考虑的因素有:

• 比较不同方法: BLUP, GBLUP, SSBLUP
• 不同遗传力: 0.1, 0.2, 0.5
• 不同标记数: 10k 和50k
• 不同训练群体数(Training Set, TS): 1000, 2000, 3000, 4000, 5000

主要结论:

• 1, 准确性随着标记密度增加, 随着遗传力的增高, 而增高
• 2, 在训练群体为1000时, GBLUP和SSBLUP的准确性并不比传统BLUP方法高
• 3, 对于遗传力为0.5个性状, 训练群体的数目至少要达到300, GBLUP和SSBLUP才会比传统BLUP准确性高
• 4, 对于低遗传力(0.1)的性状, SSBLUP比GBLUP的准确性要高,对于高遗传力的性状, SSBLUP优势不明显.