macs2的输出文件解读

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NAME_peaks.xls
包含peak信息的tab分割的文件，前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含：

• 染色体号
• peak起始位点
• peak结束位点
• peak区域长度
• peak的峰值位点（summit position）
• peak 峰值的高度（pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit）
• peak的富集倍数（相对于random Poisson distribution with local lambda

NAME_peaks.narrowPeak
*narrowPeak文件是BED6+4格式，可以上传到UCSC浏览。输出文件每列信息分别包含：

• 1；染色体号
• 2：peak起始位点
• 3：结束位点
• 4：peak name
• 5：int(-10*log10qvalue)
• 6 ：正负链
• 7：fold change
• 8：-log10pvalue
• 9：-log10qvalue

• 10：relative summit position to peak start（？）

• NAME_summits.bed
  BED格式的文件，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。如果想找motif，推荐使用此文件。

Remove the beginning track line if you want to analyze it by other tools.???

• .bdg
  bedGraph格式，可以导入UCSC或者转换为bigwig格式。两种bfg文件：treat_pileup, and control_lambda.
• NAME_peaks.broadPeak
  BED6+3格式与narrowPeak类似，只是没有第10列。

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summits.bed，narrowPeak，bdg, xls四种类型输出文件的比较：

• xls文件
  文件包含信息还是比较多的，和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才是bed格式的文件，另外还包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 对应，-log10pvalue,-log10qvalue,peak长度，peak 峰值位置等。
• narrowPeak文件
  和xls文件信息类似
• summits.bed文件
  包含峰的位置信息和-log10pvalue
• bdg文件
  bdg文件适合导入UCSC或IGV进行谱图可视化，或者转换为bigwig格式再进行可视化。
  为什么染色体号后面会出现其他的字符串？？？？

 

作者：六六_ryx
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來源：简书
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