数据基础---《利用Python进行数据分析·第2版》第12章 pandas高级应用

之前自己对于numpy和pandas是要用的时候东学一点西一点,直到看到《利用Python进行数据分析·第2版》,觉得只看这一篇就够了。非常感谢原博主的翻译和分享。

前面的章节关注于不同类型的数据规整流程和NumPy、pandas与其它库的特点。随着时间的发展,pandas发展出了更多适合高级用户的功能。本章就要深入学习pandas的高级功能。

12.1 分类数据

这一节介绍的是pandas的分类类型。我会向你展示通过使用它,提高性能和内存的使用率。我还会介绍一些在统计和机器学习中使用分类数据的工具。

背景和目的

表中的一列通常会有重复的包含不同值的小集合的情况。我们已经学过了unique和value_counts,它们可以从数组提取出不同的值,并分别计算频率:

import numpy as np; import pandas as pd
values = pd.Series(['apple', 'orange', 'apple','apple'] * 2)
values
0     apple
1    orange
2     apple
3     apple
4     apple
5    orange
6     apple
7     apple
dtype: object
pd.unique(values)
array(['apple', 'orange'], dtype=object)
pd.value_counts(values)
apple     6
orange    2
dtype: int64

许多数据系统(数据仓库、统计计算或其它应用)都发展出了特定的表征重复值的方法,以进行高效的存储和计算。在数据仓库中,最好的方法是使用所谓的包含不同值的维表(Dimension Table),将主要的参数存储为引用维表整数键:

values = pd.Series([0, 1, 0, 0] * 2)
dim = pd.Series(['apple', 'orange'])
values
0    0
1    1
2    0
3    0
4    0
5    1
6    0
7    0
dtype: int64
dim
0     apple
1    orange
dtype: object

可以使用take方法存储原始的字符串Series:

dim.take(values)
0     apple
1    orange
0     apple
0     apple
0     apple
1    orange
0     apple
0     apple
dtype: object

这种用整数表示的方法称为分类或字典编码表示法。不同值得数组称为分类、字典或数据级。本书中,我们使用分类的说法。表示分类的整数值称为分类编码或简单地称为编码。

分类表示可以在进行分析时大大的提高性能。你也可以在保持编码不变的情况下,对分类进行转换。一些相对简单的转变例子包括:

  • 重命名分类。
  • 加入一个新的分类,不改变已经存在的分类的顺序或位置。

pandas的分类类型

pandas有一个特殊的分类类型,用于保存使用整数分类表示法的数据。看一个之前的Series例子:

fruits = ['apple', 'orange', 'apple', 'apple'] * 2
N = len(fruits)
df = pd.DataFrame({'fruit': fruits,'basket_id': np.arange(N),'count': np.random.randint(3, 15, size=N), 'weight': np.random.uniform(0, 4, size=N)},columns=['basket_id', 'fruit', 'count', 'weight'])
df
basket_id fruit count weight
0 0 apple 10 2.174428
1 1 orange 7 3.436793
2 2 apple 7 0.437228
3 3 apple 4 2.938516
4 4 apple 11 2.126538
5 5 orange 13 1.604507
6 6 apple 3 1.583122
7 7 apple 3 2.351318

这里,df[‘fruit’]是一个Python字符串对象的数组。我们可以通过调用它,将它转变为分类:

fruit_cat = df['fruit'].astype('category')
fruit_cat
0     apple
1    orange
2     apple
3     apple
4     apple
5    orange
6     apple
7     apple
Name: fruit, dtype: category
Categories (2, object): [apple, orange]

fruit_cat的值不是NumPy数组,而是一个pandas.Categorical实例:

c = fruit_cat.values
c
[apple, orange, apple, apple, apple, orange, apple, apple]
Categories (2, object): [apple, orange]
type(c)
pandas.core.arrays.categorical.Categorical

分类对象有categories和codes属性:

c.categories
Index(['apple', 'orange'], dtype='object')
c.codes
array([0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], dtype=int8)

你可将DataFrame的列通过分配转换结果,转换为分类:

df['fruit'] = df['fruit'].astype('category')
df.fruit
0     apple
1    orange
2     apple
3     apple
4     apple
5    orange
6     apple
7     apple
Name: fruit, dtype: category
Categories (2, object): [apple, orange]

你还可以从其它Python序列直接创建pandas.Categorical:

my_categories = pd.Categorical(['foo', 'bar', 'baz', 'foo', 'bar'])
my_categories
[foo, bar, baz, foo, bar]
Categories (3, object): [bar, baz, foo]

如果你已经从其它源获得了分类编码,你还可以使用from_codes构造器:

categories = ['foo', 'bar', 'baz']
codes = [0, 1, 2, 0, 0, 1]
my_cats_2 =pd.Categorical.from_codes(codes,categories)
my_cats_2
[foo, bar, baz, foo, foo, bar]
Categories (3, object): [foo, bar, baz]
#跟take()实现了相似的目的
pd.Series(categories).take(pd.Series(codes))
0    foo
1    bar
2    baz
0    foo
0    foo
1    bar
dtype: object

与显示指定不同,分类变换不认定指定的分类顺序。因此取决于输入数据的顺序,categories数组的顺序会不同。当使用from_codes或其它的构造器时,你可以指定分类一个有意义的顺序:

ordered_cat=pd.Categorical.from_codes(codes,categories,ordered=True)
ordered_cat
[foo, bar, baz, foo, foo, bar]
Categories (3, object): [foo < bar < baz]

输出[foo < bar < baz]指明‘foo’位于‘bar’的前面,以此类推。无序的分类实例可以通过as_ordered排序:

my_cats_2.as_ordered()
[foo, bar, baz, foo, foo, bar]
Categories (3, object): [foo < bar < baz]

最后要注意,分类数据不需要字符串,尽管我仅仅展示了字符串的例子。分类数组可以包括任意不可变类型。

用分类进行计算

与非编码版本(比如字符串数组)相比,使用pandas的Categorical有些类似。某些pandas组件,比如groupby函数,更适合进行分类。还有一些函数可以使用有序标志位。

来看一些随机的数值数据,使用pandas.qcut面元函数。它会返回pandas.Categorical,我们之前使用过pandas.cut,但没解释分类是如何工作的:

np.random.seed(12345)
draws = np.random.randn(1000)
draws[:5]
array([-0.20470766,  0.47894334, -0.51943872, -0.5557303 ,  1.96578057])

计算这个数据的分位面元,提取一些统计信息:

bins = pd.qcut(draws,4)
bins
[(-0.684, -0.0101], (-0.0101, 0.63], (-0.684, -0.0101], (-0.684, -0.0101], (0.63, 3.928], ..., (-0.0101, 0.63], (-0.684, -0.0101], (-2.9499999999999997, -0.684], (-0.0101, 0.63], (0.63, 3.928]]
Length: 1000
Categories (4, interval[float64]): [(-2.9499999999999997, -0.684] < (-0.684, -0.0101] < (-0.0101, 0.63] < (0.63, 3.928]]

虽然有用,确切的样本分位数与分位的名称相比,不利于生成汇总。我们可以使用labels参数qcut,实现目的:

bins=pd.qcut(draws,4,labels=['Q1', 'Q2', 'Q3', 'Q4'])
bins
[Q2, Q3, Q2, Q2, Q4, ..., Q3, Q2, Q1, Q3, Q4]
Length: 1000
Categories (4, object): [Q1 < Q2 < Q3 < Q4]
bins.codes[:10]
array([1, 2, 1, 1, 3, 3, 2, 2, 3, 3], dtype=int8)

加上标签的面元分类不包含数据面元边界的信息,因此可以使用groupby提取一些汇总信息:

bins=pd.Series(bins,name='quartile')
results=pd.Series(draws).groupby(bins).agg(['count','min','max'])
results
count min max
quartile
Q1 250 -2.949343 -0.685484
Q2 250 -0.683066 -0.010115
Q3 250 -0.010032 0.628894
Q4 250 0.634238 3.927528
results=results.reset_index()
results
quartile count min max
0 Q1 250 -2.949343 -0.685484
1 Q2 250 -0.683066 -0.010115
2 Q3 250 -0.010032 0.628894
3 Q4 250 0.634238 3.927528

分位数列保存了原始的面元分类信息,包括排序:

results.quartile
0    Q1
1    Q2
2    Q3
3    Q4
Name: quartile, dtype: category
Categories (4, object): [Q1 < Q2 < Q3 < Q4]

用分类提高性能

如果你是在一个特定数据集上做大量分析,将其转换为分类可以极大地提高效率。DataFrame列的分类使用的内存通常少的多。来看一些包含一千万元素的Series,和一些不同的分类:

N = 10000000
draws = pd.Series(np.random.randn(N))
labels = pd.Series(['foo', 'bar', 'baz', 'qux'] * (N // 4))

现在,将标签转换为分类:

categories = labels.astype('category')

这时,可以看到标签使用的内存远比分类多:

labels.memory_usage()
80000080
categories.memory_usage()
10000272

转换为分类不是没有代价的,但这是一次性的代价:

%time _ = labels.astype('category')
Wall time: 439 ms

GroupBy使用分类操作明显更快,是因为底层的算法使用整数编码数组,而不是字符串数组。

分类方法

包含分类数据的Series有一些特殊的方法,类似于Series.str字符串方法。它还提供了方便的分类和编码的使用方法。看下面的Series:

s=pd.Series(['a', 'b', 'c', 'd']*2)
cat_s=s.astype('category')
cat_s
0    a
1    b
2    c
3    d
4    a
5    b
6    c
7    d
dtype: category
Categories (4, object): [a, b, c, d]

特别的cat属性提供了分类方法的入口:

cat_s.cat.codes
0    0
1    1
2    2
3    3
4    0
5    1
6    2
7    3
dtype: int8
cat_s.cat.categories
Index(['a', 'b', 'c', 'd'], dtype='object')

假设我们知道这个数据的实际分类集,超出了数据中的四个值。我们可以使用set_categories方法改变它们:

actual_categories = ['a', 'b', 'c', 'd', 'e']
cat_s2 = cat_s.cat.set_categories(actual_categories)
cat_s2
0    a
1    b
2    c
3    d
4    a
5    b
6    c
7    d
dtype: category
Categories (5, object): [a, b, c, d, e]

虽然数据看起来没变,新的分类将反映在它们的操作中。例如,如果有的话,value_counts表示分类:

cat_s.value_counts()
d    2
c    2
b    2
a    2
dtype: int64
cat_s2.value_counts()
d    2
c    2
b    2
a    2
e    0
dtype: int64

在大数据集中,分类经常作为节省内存和高性能的便捷工具。过滤完大DataFrame或Series之后,许多分类可能不会出现在数据中。我们可以使用remove_unused_categories方法删除没看到的分类:

cat_s.isin(['a','b'])
0     True
1     True
2    False
3    False
4     True
5     True
6    False
7    False
dtype: bool
cat_s3 = cat_s[cat_s.isin(['a','b'])]
cat_s3
0    a
1    b
4    a
5    b
dtype: category
Categories (4, object): [a, b, c, d]
cat_s3.cat.remove_unused_categories()
0    a
1    b
4    a
5    b
dtype: category
Categories (2, object): [a, b]

表12-1列出了可用的分类方法。

表12-1 pandas的Series的分类方法

为建模创建虚拟变量

当你使用统计或机器学习工具时,通常会将分类数据转换为虚拟变量,也称为one-hot编码。这包括创建一个不同类别的列的DataFrame;这些列包含给定分类的1s,其它为0。

看前面的例子:

cat_s=pd.Series(['a', 'b', 'c', 'd'] * 2,dtype='category')
pd.get_dummies(cat_s)
a b c d
0 1 0 0 0
1 0 1 0 0
2 0 0 1 0
3 0 0 0 1
4 1 0 0 0
5 0 1 0 0
6 0 0 1 0
7 0 0 0 1

12.2 GroupBy高级应用

尽管我们在第10章已经深度学习了Series和DataFrame的Groupby方法,还有一些方法也是很有用的。

分组转换和“解封”GroupBy

在第10章,我们在分组操作中学习了apply方法,进行转换。还有另一个transform方法,它与apply很像,但是对使用的函数有一定限制:

  • 它可以产生向分组形状广播标量值
  • 它可以产生一个和输入组形状相同的对象
  • 它不能修改输入

来看一个简单的例子:

df = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'c'] * 4, 'value': np.arange(12.)})
df
key value
0 a 0.0
1 b 1.0
2 c 2.0
3 a 3.0
4 b 4.0
5 c 5.0
6 a 6.0
7 b 7.0
8 c 8.0
9 a 9.0
10 b 10.0
11 c 11.0

按键进行分组:

g=df.groupby('key').value
g.mean()
key
a    4.5
b    5.5
c    6.5
Name: value, dtype: float64

假设我们想产生一个和df[‘value’]形状相同的Series,但值替换为按键分组的平均值。我们可以传递函数lambda x: x.mean()进行转换:

g.transform(lambda x:x.mean())
0     4.5
1     5.5
2     6.5
3     4.5
4     5.5
5     6.5
6     4.5
7     5.5
8     6.5
9     4.5
10    5.5
11    6.5
Name: value, dtype: float64

对于内置的聚合函数,我们可以传递一个字符串假名作为GroupBy的agg方法:

g.transform('mean')
0     4.5
1     5.5
2     6.5
3     4.5
4     5.5
5     6.5
6     4.5
7     5.5
8     6.5
9     4.5
10    5.5
11    6.5
Name: value, dtype: float64

与apply类似,transform的函数会返回Series,但是结果必须与输入大小相同。举个例子,我们可以用lambda函数将每个分组乘以2:

g.transform(lambda x:x*2)
0      0.0
1      2.0
2      4.0
3      6.0
4      8.0
5     10.0
6     12.0
7     14.0
8     16.0
9     18.0
10    20.0
11    22.0
Name: value, dtype: float64

再举一个复杂的例子,我们可以计算每个分组的降序排名:

g.transform(lambda x:x.rank(ascending=False))
0     4.0
1     4.0
2     4.0
3     3.0
4     3.0
5     3.0
6     2.0
7     2.0
8     2.0
9     1.0
10    1.0
11    1.0
Name: value, dtype: float64

看一个由简单聚合构造的的分组转换函数:

def normalize(x):
    return (x-x.mean())/x.std()

我们用transform或apply可以获得等价的结果:

g.transform(normalize)
0    -1.161895
1    -1.161895
2    -1.161895
3    -0.387298
4    -0.387298
5    -0.387298
6     0.387298
7     0.387298
8     0.387298
9     1.161895
10    1.161895
11    1.161895
Name: value, dtype: float64
g.apply(normalize)
0    -1.161895
1    -1.161895
2    -1.161895
3    -0.387298
4    -0.387298
5    -0.387298
6     0.387298
7     0.387298
8     0.387298
9     1.161895
10    1.161895
11    1.161895
Name: value, dtype: float64

内置的聚合函数,比如mean或sum,通常比apply函数快,也比transform快。这允许我们进行一个所谓的解封(unwrapped)分组操作:意思是尽量用内置的函数,而不要自己去定义函数

g.transform('mean')
0     4.5
1     5.5
2     6.5
3     4.5
4     5.5
5     6.5
6     4.5
7     5.5
8     6.5
9     4.5
10    5.5
11    6.5
Name: value, dtype: float64
normalized = (df['value']-g.transform('mean'))/g.transform('std')
normalized
0    -1.161895
1    -1.161895
2    -1.161895
3    -0.387298
4    -0.387298
5    -0.387298
6     0.387298
7     0.387298
8     0.387298
9     1.161895
10    1.161895
11    1.161895
Name: value, dtype: float64

解封分组操作可能包括多个分组聚合,但是矢量化操作还是会带来收益。

分组的时间重采样

对于时间序列数据,resample方法从语义上是一个基于内在时间的分组操作。下面是一个示例表:

N = 15
times=pd.date_range('2017-05-20 00:00',periods=N,freq='1min')
df=pd.DataFrame({'times':times,'value':np.arange(N)})
df
times value
0 2017-05-20 00:00:00 0
1 2017-05-20 00:01:00 1
2 2017-05-20 00:02:00 2
3 2017-05-20 00:03:00 3
4 2017-05-20 00:04:00 4
5 2017-05-20 00:05:00 5
6 2017-05-20 00:06:00 6
7 2017-05-20 00:07:00 7
8 2017-05-20 00:08:00 8
9 2017-05-20 00:09:00 9
10 2017-05-20 00:10:00 10
11 2017-05-20 00:11:00 11
12 2017-05-20 00:12:00 12
13 2017-05-20 00:13:00 13
14 2017-05-20 00:14:00 14

这里,我们可以用time作为索引,然后重采样:

df.set_index('times').resample('5min').asfreq()
value
times
2017-05-20 00:00:00 0
2017-05-20 00:05:00 5
2017-05-20 00:10:00 10
df.set_index('times').resample('5min').count()
value
times
2017-05-20 00:00:00 5
2017-05-20 00:05:00 5
2017-05-20 00:10:00 5

假设DataFrame包含多个时间序列,用一个额外的分组键的列进行标记:

df2 = pd.DataFrame({'time': times.repeat(3),'key': np.tile(['a', 'b', 'c'], N),'value': np.arange(N * 3.)})
df2[:5]
key time value
0 a 2017-05-20 00:00:00 0.0
1 b 2017-05-20 00:00:00 1.0
2 c 2017-05-20 00:00:00 2.0
3 a 2017-05-20 00:01:00 3.0
4 b 2017-05-20 00:01:00 4.0

要对每个key值进行相同的重采样,我们引入pandas.TimeGrouper对象:

time_key = pd.TimeGrouper('5min')
c:\users\qingt\miniconda2\envs\python35\lib\site-packages\ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: pd.TimeGrouper is deprecated and will be removed; Please use pd.Grouper(freq=...)
  """Entry point for launching an IPython kernel.

我们然后设定时间索引,用key和time_key分组,然后聚合:

resampled =(df2.set_index('time').groupby(['key',time_key]).sum())
resampled
value
key time
a 2017-05-20 00:00:00 30.0
2017-05-20 00:05:00 105.0
2017-05-20 00:10:00 180.0
b 2017-05-20 00:00:00 35.0
2017-05-20 00:05:00 110.0
2017-05-20 00:10:00 185.0
c 2017-05-20 00:00:00 40.0
2017-05-20 00:05:00 115.0
2017-05-20 00:10:00 190.0
resampled.reset_index()
key time value
0 a 2017-05-20 00:00:00 30.0
1 a 2017-05-20 00:05:00 105.0
2 a 2017-05-20 00:10:00 180.0
3 b 2017-05-20 00:00:00 35.0
4 b 2017-05-20 00:05:00 110.0
5 b 2017-05-20 00:10:00 185.0
6 c 2017-05-20 00:00:00 40.0
7 c 2017-05-20 00:05:00 115.0
8 c 2017-05-20 00:10:00 190.0

使用TimeGrouper的限制是时间必须是Series或DataFrame的索引。

12.3 链式编程技术

当对数据集进行一系列变换时,你可能发现创建的多个临时变量其实并没有在分析中用到。看下面的例子:

df = load_data()
df2 = df[df['col2'] < 0]
df2['col1_demeaned'] = df2['col1'] - df2['col1'].mean()
result = df2.groupby('key').col1_demeaned.std()

虽然这里没有使用真实的数据,这个例子却指出了一些新方法。首先,DataFrame.assign方法是一个df[k] = v形式的函数式的列分配方法。它不是就地修改对象,而是返回新的修改过的DataFrame。因此,下面的语句是等价的:

# Usual non-functional way
df2 = df.copy()
df2['k'] = v

# Functional assign way
df2 = df.assign(k=v)

就地分配可能会比assign快,但是assign可以方便地进行链式编程:

result = (df2.assign(col1_demeaned=df2.col1 - df2.col2.mean())
          .groupby('key')
          .col1_demeaned.std())

我使用外括号,这样便于添加换行符。

使用链式编程时要注意,你可能会需要涉及临时对象。在前面的例子中,我们不能使用load_data的结果,直到它被赋值给临时变量df。为了这么做,assign和许多其它pandas函数可以接收类似函数的参数,即可调用对象(callable)。为了展示可调用对象,看一个前面例子的片段:

df = load_data()
df2 = df[df['col2'] < 0]

它可以重写为:

df = (load_data()
      [lambda x: x['col2'] < 0])

这里,load_data的结果没有赋值给某个变量,因此传递到[ ]的函数在这一步被绑定到了对象。

我们可以把整个过程写为一个单链表达式:

result = (load_data()
          [lambda x: x.col2 < 0]
          .assign(col1_demeaned=lambda x: x.col1 - x.col1.mean())
          .groupby('key')
          .col1_demeaned.std())

是否将代码写成这种形式只是习惯而已,将它分开成若干步可以提高可读性。

管道方法

你可以用Python内置的pandas函数和方法,用带有可调用对象的链式编程做许多工作。但是,有时你需要使用自己的函数,或是第三方库的函数。这时就要用到管道方法。

看下面的函数调用:

a = f(df, arg1=v1)
b = g(a, v2, arg3=v3)
c = h(b, arg4=v4)

当使用接收、返回Series或DataFrame对象的函数式,你可以调用pipe将其重写:

result = (df.pipe(f, arg1=v1)
          .pipe(g, v2, arg3=v3)
          .pipe(h, arg4=v4))

f(df)和df.pipe(f)是等价的,但是pipe使得链式声明更容易。

pipe的另一个有用的地方是提炼操作为可复用的函数。看一个从列减去分组方法的例子:

g = df.groupby(['key1', 'key2'])
df['col1'] = df['col1'] - g.transform('mean')

假设你想转换多列,并修改分组的键。另外,你想用链式编程做这个转换。下面就是一个方法:

def group_demean(df, by, cols):
    result = df.copy()
    g = df.groupby(by)
    for c in cols:
        result[c] = df[c] - g[c].transform('mean')
    return result

然后可以写为:

result = (df[df.col1 < 0]
          .pipe(group_demean, ['key1', 'key2'], ['col1']))

12.4 总结

和其它许多开源项目一样,pandas仍然在不断的变化和进步中。和本书中其它地方一样,这里的重点是放在接下来几年不会发生什么改变且稳定的功能。

为了深入学习pandas的知识,我建议你学习官方文档,并阅读开发团队发布的文档更新。我们还邀请你加入pandas的开发工作:修改bug、创建新功能、完善文档。

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