一．实验方法
1.X射线衍射法；
2.核磁共振法；
3.冷冻电子显微镜技术。
缺点：三高——1).实验材料要求高；
2).实验仪器造价高；
3).实验耗时成本高。
二．计算方法
1. 同源建模法
原理——相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构
注意：如果目标序列与模板序列的一致度<30%，那么同源建模法将不适用。
2. 穿线法
原理——不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构
注意：已知的蛋白质结构约10万个，其所具有的不同的结构拓扑只有1393个，且自2008年就没再有新的结构拓扑产生。
蛋白质的拓扑结构是指各二级结构元件（如α螺旋、β折叠等）的相继次序与其空间结构之间的关系，它也是我们将蛋白质结构进行分类、汇总以及比较的一个重要参考。
预测软件：zhang lab的I-TASSER（在连续几届CASP比赛中皆排名第一） 30+H
注：上海交通大学的沈红斌教授研究组在CASP11中取得第三名。（截至目前中国团队取得的最好成绩）
3.从头计算法
1973年《科学》Anfinsen：蛋白质的三维结构决定于自身的氨基酸序列，并且处于最低自由能状态。
预测软件：zhang lab的QURK 48+H
注意：QURK适用于没有同源模板的蛋白质，且氨基酸序列长度200以内。
4.综合法
综合了同源建模法、穿线法和从头计算法等多种方法，将氨基酸序列分段，情况不同的片段 采用不同的方法。
预测软件：ROBETTA（综合了同源建模法和从头计算法）
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5.总结
6.模型质量评估
第三方评估软件——SAVES，ProQ，ModFold
7.三级结构的比对
此外还有蛋白质结构分析软件SPDBV
