暑期学习之植入（l,d)模体发现穷举法c++（三）

昨天用c++写了一个穷举法，来粘一下。

首先，数据是20*600的序列，植入模体为（9,2），因为是穷举法，太高的话效率太慢了。

#include <iostream>
#include <string>
#include <stdlib.h>
#include <fstream>

using namespace std;

int H_len(string a,string b,int l);//计算两个同长字符串的海明距离

int main()
{
    //读取txt数据文件
    ifstream ifile;
    ifile.open("data.txt");
    string line;
    string s[20];
    int panduan=0;
    while (getline(ifile, line)) {
            if(panduan%2==1){
                s[(panduan-1)/2]=line;
                //cout << s[(panduan-1)/2] << endl;
            }
        panduan = panduan + 1;
    }

    //对每个可能的组合做循环
    string Letter("ACGT");  //定义字母表
    int _len = 4;           //定义字母表长度
    int H_d = 2;
    int LL = 9;
    int n = 600;
    int t = 20;
    //string firstname(name.substr(0,4));
    //cout << firstname << endl;
    //为每一个可能的模体都做一次循环，在这里是4的9次方
    for(int a = 0;a < _len;a++)
        for(int b = 0;b < _len;b++)
            for(int c = 0;c < _len;c++)
                for(int d = 0;d < _len;d++)
                    for(int e = 0;e < _len;e++)
                        for(int f = 0;f < _len;f++)
                            for(int g = 0;g < _len;g++)
                                for(int h = 0;h < _len;h++)
                                    for(int i = 0;i < _len;i++)
                                    {
                                        string t_moti;
                                        t_moti = t_moti + Letter[a] + Letter[b] + Letter[c] + Letter[d] + Letter[e] + Letter[f] + Letter[g] + Letter[h] + Letter[i];
                                        //cout<< t_moti <<endl;
                                        int count_m = 0;
                                        int sum = 0;
                                        for(int j= 0;j<t;j++)
                                           {
                                             for(int k = 0;k < n - LL + 1 ;k++)
                                            {
                                                string cut = s[j].substr(k,LL);
                                                if(H_len(cut,t_moti,LL)<H_d || H_len(cut,t_moti,LL)==H_d)
                                                {
                                                    sum = sum + H_len(cut,t_moti,LL);
                                                    count_m = count_m + 1 ;
                                                    break;
                                                }
                                            }
                                            if(count_m != j+1)
                                                break;
                                           }
                                          if(count_m ==20)
                                            cout<<t_moti<<" "<<sum<<endl;
                                    }


    return 0;
}
//计算两个同长字符串的海明距离
int H_len(string a,string b,int l)
{
    int temp_d = 0;
    for(int i = 0;i < l;i++)
    {
        if(a[i]!=b[i])
        {
            temp_d = temp_d + 1;
        }
    }
    return temp_d;
}

运行一下，看一下结果。

跟植入的模体比较一下，AAAGTGAAC，发现是一致的，总体来看算法还是成功算出了模体，就是效率太慢，打算下一步实现PMSP算法，应该会提高效率不少。

继续加油！

PS：需要测试数据的可以私聊。