1，存储结构
MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD（MYData）。索引文件的扩展名是.MYI（MYIndex）
InnoDB ：所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。
2，存储空间
的MyISAM：可被压缩，存储空间较小支持三种不同的存储格式：静态表（默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉），动态表，压缩表
InnoDB ：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
3，事务支持
MyISAM数据：强调的是性能，每次查询具有原子性，其执行数度比InnoDB的类型更快，但是不提供事务支持
InnoDB ：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。具有事务（commit），回滚（rollback）和崩溃修复能力（崩溃恢复能力）的事务安全（transaction-safe（ACID compliant））型表。
4，CURD操作
MyISAM：如果执行大量的SELECT，MyISAM的是更好的选择（因为没有支持行级锁），在增删的时候需要锁定整个表格，效率会低一些相关的是innodb的支持行级锁，删除插入的。时候只需要锁定改行就行，效率较高
InnoDB：如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表.DELETE从性能上InnoDB更优，但是从表时，DELETE FROM表时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除，在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table这个命令。
5，外键
MyISAM数据：不支持
InnoDB：支持
原文：https ：//www.cnblogs.com/yangtzewang/p/5902020.html