跟着Bioinformatics学作图 | Seqlogo图绘制

前言

在4月份，我出了基于TBtools做基因家族分析,这个教程80%的分析都是基于TBtools，非常适合我们做基因家族的小白。那么，最近又在做一些相关的优化。今天在做Seqlogo图，也就查了一些教程，也做个记录吧。

– Du

Seqlogo图

在meme网址中也也给你Seqlogo图，可以直接使用，只是需要手动组图。

下载流程

Step one
Step Two
ENDING !

基于ggseqlogo包绘制

ggseqlogo包发表在Bioinformatic期刊中，使用相对简洁、方便，但是感觉批量绘制时颜色很难修改(PS:应该自己参数没使用对)。

文章网址：

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/22/3645/3980251?login=false

ggseqlogo包使用网址：

https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/

在网址中有比较详细的文档说明。

安装R包

install.packages("ggseqlogo")

or 

devtools::install_github("omarwagih/ggseqlogo")

加载所需包

# Load the required packages
require(ggplot2)
require(ggseqlogo)

我们这里就直接使用ggseqlogo包中序列信息吧。

如果是自己导入序列的话，可以使用read.table（）函数导入。

批量导入：

·## 批量生产文件名
filelist = c(paste0('motif',1:10,'.txt'))
filelen <- length(filelist)

##批量读取
data.list <- list()
for (i in 1:10) {
  data.list[[paste0('motif',i)]]=scan(filelist[i],what = '')
}

# Some sample data
data(ggseqlogo_sample)

基础图形：

ggplot() + geom_logo( seqs_dna$MA0001.1 ) + theme_logo()

添加相关参数：
氨基酸，DNA和RNA序列类型都支持ggseqlogo。默认情况下，ggseqlogo将尝试猜测您的序列类型。您可以通过seq_type选项显式地设置序列类型。

ggseqlogo( seqs_aa$AKT1, seq_type='aa' )

以数字的形式展现

# Replace DNA characters with numbers
seqs_numeric = chartr('ATGC','1234', seqs_dna$MA0001.1)
ggseqlogo(seqs_numeric, method='p', namespace=1:4)

# Replace DNA characters with Greek ones
seqs_greek = chartr('ATGC', 'δεψλ', seqs_dna$MA0001.1)
ggseqlogo(seqs_greek, namespace='δεψλ', method='p')

颜色的调整

使用col_scheme进行调整

ggseqlogo(seqs_dna$MA0001.1, col_scheme='base_pairing')

col_scheme参数有如下几种; auto, chemistry, chemistry2, hydrophobicity, nucleotide, nucleotide2, base_pairing, clustalx, taylor

指定颜色

## 设置颜色
cs1 = make_col_scheme(chars=c('A', 'T', 'C', 'G'), groups=c('gr1', 'gr1', 'gr2', 'gr2'), 
                      cols=c('purple', 'purple', 'blue', 'blue'))

## 
ggseqlogo(seqs_dna$MA0001.1, col_scheme=cs1)

颜色二

cs2 = make_col_scheme(chars=c('A', 'T', 'C', 'G'), values=1:4)

# Generate sequence logo
ggseqlogo(seqs_dna$MA0001.1, col_scheme=cs2)

批量绘制

ggseqlogo(seqs_dna, ncol=4)

## ncol：指定每行的展示个数

自定义高度

# Create a custom matrix 
set.seed(123)
custom_mat = matrix( rnorm(20), nrow=4, dimnames=list(c('A', 'T', 'G', 'C')))

# Generate sequence logo
ggseqlogo(custom_mat, method='custom', seq_type='dna') + ylab('my custom height')

更详细的内容你可以看的包帮助文档！！！

往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

2. 精美图形绘制教程

精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!