在mmsegmentation框架上实现基于U-net的眼底血管图像分割示例

实验是基于以下环境运行的在这里插入图片描述

一 前言

关于如何安装mmlab的相关环境,后期会出一份详细的安装教程。安装过程中确实坑比较多,但是mmlab的框架安装下来之后只有一个字,香!目前主流的网络结构都支持,只要根据个人需要编写好config文件就可以直接调用,非常的方便。因此强烈推荐大家学一手。mmsegmentation官方支持了很多数据集,在其prepare-datasets.md里面介绍的很清楚,由于其他数据集较大,因此选择CHASEDB1数据集进行实验。

二 数据集准备

数据集网上可以直接下载到,这是网盘链接:链接:https://pan.baidu.com/s/16fXFzOj6BvgUbxBtimURXA 提取码:1111
下载下来数据集以后,使用mmsegmentation自带的工具来处理压缩文件,如下图所示就可以处理成程序需要的文件夹结构:

python tools/convert_datasets/chase_db1.py /path/to/CHASEDB1.zip

后面那个是你自己的文件下载地址,而后会在mmsegmentation下形成一个文件夹data,里面结构如下所示。
在这里插入图片描述
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这边之所以annotation看上去都是黑的是因为标签位置它为1,和0区别不大,实际上其实应该是这样的:在这里插入图片描述

三 训练

mmlab一个非常优秀的地方就是只要把config文件配好以后,运行train就能得到需要的结果,点开train.py文件,会发现在参数部分有很多需要填或者选填部分,这里最重要的就是config参数,其他都可以不填:
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这里我们由于使用的是Unet网络以及CHASEDB1数据集,即config文件夹中找到unet目录下的chase01的py文件,即:
在这里插入图片描述
开始训练的话在菜单栏的run中设置运行参数即可:
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输入参数即可:在这里插入图片描述
然后直接运行就可以了。

四 结果可视化

运行会得到一个latest.pth以及log.json文件,里面保存着整个训练日志以及你的训练好的模型,网上有很多可以可视化的工具,但是不知道为什么自己使用起来问题很大,后来索性自己写了一个,后续会附上代码,可视化结果如下图所示:在这里插入图片描述

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