Python将nii.gz的3D医学图像切片为2D图像

import numpy as np
import os                #用于遍历文件夹
import nibabel as nib    #用nibabel包打开nii文件
import imageio           #图像io

def nii_to_image(niifile):
    filenames = os.listdir(filepath)  #指定nii所在的文件夹
    for f in filenames:
        #开始读取nii文件
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path,)                #读取nii
        img_fdata = img.get_fdata()
    
        fnamex = f.replace('.nii.gz',' -x')            #去掉nii的后缀名创建x方向2D图像文件夹
        img_f_pathx = os.path.join(imgfile, fnamex) #创建nii对应的x方向2D图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_pathx):
            os.mkdir(img_f_pathx)                #新建文件夹
        
        fnamey = f.replace('.nii.gz',' -y')            #去掉nii的后缀名创建y方向2D图像文件夹
        img_f_pathy = os.path.join(imgfile, fnamey) #创建nii对应的y方向2D图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_pathy):
            os.mkdir(img_f_pathy)                #新建文件夹
        
        fnamez = f.replace('.nii.gz',' -z')            #去掉nii的后缀名创建z方向2D图像文件夹
        img_f_pathz = os.path.join(imgfile, fnamez) #创建nii对应的z方向2D图像图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_pathz):
            os.mkdir(img_f_pathz)                #新建文件夹
         
        #开始转换为图像
        #可能用到的图像变换
        #旋转操作利用numpy 的rot90（a,b）函数 a为数据 b为旋转90度的多少倍 ！正数逆时针 负数顺时针
        # 左右翻转 ： img_lr = np.fliplr(img) 上下翻转： img_ud = np.flipud(img)   
        (x,y,z) = img.shape #获取图像的3个方向的维度
        for i in range(x):                      #x方向
            silce = img_fdata[i, :, :]         #选择哪个方向的切片都可以 不要忘了i改到对应方向
            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_pathx,'{}.png'.format(i)), silce) #保存图像
        for i in range(y):                      #y方向
            silce = np.rot90(img_fdata[:, i, :],1)
            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_pathy,'{}.png'.format(i)), silce) #保存图像
        for i in range(z):                      #z方向
            silce = np.fliplr(np.rot90(img_fdata[:, :, i],-1))
            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_pathz,'{}.png'.format(i)), silce) #保存图像
                    
if __name__ == '__main__':
    filepath = 'nii文件所在文件夹路径'
    imgfile = '导出2D图片指定所在文件夹路径'
    nii_to_image(filepath)