MySQL数据表在系统中表现形式有：ISAM、MyISAM、MERGE、BDB、InnoDB和HEAP。每种数据表在文件系统中都有不同的表示方式，有一个共同点就是每种数据表至少有一个存放数据表结构定义的.frm文件。ISAM数据表是最原始的数据表（.frm,.ISD,.ISM），MyISAM数据表是ISAM数据表的继承者。InnoDB由于采用表空间的概念来管理数据表，所以它只有一个与数据表对应.frm文件，同一目录下的其它文件表示为表空间，存储数据表的数据和索引。
数据目录是用来存放数据表和相关信息的地方，是数据库的核心。在WINDOWS系统上，数据目录的位置默认是在c:/mysql/data中。数据目录除存放数据库文件外，还会存放日志文件，状态文件，配置文件，DES密钥文件或服务器的SSL证书与密钥文件等。在MySQL中，每个数据库其实就是在数据目录下一个子目录，show databases命令相当于列出数据目录中的目录清单。所以可以通过操作数据目录中的子目录来新建（create）、删除（drop）数据库。但drop database db_name命令不能删除db_name目录中创建的其它非数据表文件；且由于InnoDB是表空间来管理数据表，所以不能用rm或del命令删除InnoDB的数据表。
上面提到的四种存储引擎都有各自适用的环境，这取决于它们独有的一些特征。主要体现在性能、事务、并发控制、参照完整性、缓存、 故障恢复，备份及回存等几个方面。
目前比较普及的存储引擎是MyISAM和InnoDB.而MyISAM又是绝大部分Web应用的首选。MyISAM与InnoDB的主要的不同点在于性能和事务控制上。
MyISAM是早期ISAM(Indexed Sequential Access Method,我现在用的MySQL5.0已经不支持ISAM了）的扩展实现，ISAM被设计为适合处理读频率远大于写频率这样一种情况，因此ISAM以及后来的MyISAM都没有考虑对事务的支持，排除了TPM，不需要事务记录，ISAM的查询效率相当可观，而且内存占用很少。MyISAM在继承了这类优点的同时，与时俱进的提供了大量实用的新特性和相关工具。例如考虑到并发控制，提供了表级锁，虽然MyISAM本身不支持容错，但可以通过myisamchk进行故障恢复。而且由于MyISAM是每张表使用各自独立的存储文件（MYD数据文件和MYI索引文件），使得备份及恢复十分方便（拷贝覆盖即可），而且还支持在线恢复。所以如果你的应用是不需要事务，处理的只是基本的CRUD操作，那么MyISAM是不二选择
InnoDB被设计成适用于高并发读写的情况.使用MVCC(Multi-Version Concurrency Control)以及行级锁来提供遵从ACID的事务支持。InnoDB支持外键参照完整性，具备故障恢复能力。另外 InnoDB的性能其实还是不错的，特别是在处理大数据量的情况下,用官方的话说就是： InnoDB的CPU效率是其他基于磁盘的关系数据库存储引擎所不能比的。不过InnoDB的备份恢复要麻烦一点，除非你使用了4.1以后版本提供的Mulit-tablespace支持，因为InnoDB和MyISAM不同，他的数据文件并不是独立对应于每张表的。而是使用的共享表空间，简单的拷贝覆盖方法对他不适用，必须在停掉MYSQL后对其进行数据恢复。使用Per-Table Tablespacesd，使其每张表对应一个独立的表空间文件，则情况要简单很多。
一般来说，如果需要事务支持，并且有较高的并发读写频率，InnoDB是不错的选择。要是并发读写频率不高的话，其实可以考虑BDB,但由于在MySQL5.1及其以后版本中，将不再提供BDB支持。这个选项也就没有了
至于Heap和BDB（Berkeley DB），相对来说，普及率不如前两种，但在有些情况下，还是挺适用的
Heap存储引擎就是将数据存储在内存中，由于没有磁盘I./O的等待，速度极快。但由于是内存存储引擎，所做的任何修改在服务器重启后都将消失。Heap挺适合做测试的时候使用
BDB是MySQL第一款事务安全的存储引擎。在Berkeley DB database library的基础上建立，同样是事务安全的，但BDB的普及率显然不及InnoDB，因为大多数在MySQL中寻找支持事务的存储引擎的同时也在找支持MVCC或是行级锁定存储引擎，而BDB只支持Page-level Lock。
附上一张《High Performance MySQL》 中的各存储引擎的特性表
| Attribute |
MyISAM |
Heap
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|
BDB |
InnoDB |
| Transactions |
No |
No |
Yes |
Yes |
| Lock granularity |
Table |
Table |
Page (8 KB) |
Row |
| Storage |
Split files |
In-memory |
Single file per table |
Tablespace(s) |
| Isolation levels |
None |
None |
Read committed |
All |
| Portable format |
Yes |
N/A |
No |
Yes |
| Referential integrity |
No |
No |
No |
Yes |
| Primary key with data |
No |
No |
Yes |
Yes |
| MySQL caches data records |
No |
Yes |
Yes |
Yes |
| Availability |
All versions |
All versions |
MySQL-Max |
All Versions |
InnoDB 给 MySQL 提供了具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。InnoDB 提供了行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in SELECTs)。这些特性均提高了多用户并发操作的性能表现。在InnoDB表中不需要扩大锁定(lock escalation)，因为 InnoDB 的列锁定(row level locks)适宜非常小的空间。InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束(FOREIGN KEY constraints)的表引擎。
InnoDB 的设计目标是处理大容量数据库系统，它的 CPU 利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。在技术上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 InnoDB 把数据和索引存放在表空间里，可能包含多个文件，这与其它的不一样，举例来说，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系统的文件大小，一般为 2 GB。
InnoDB所有的表都保存在同一个数据文件 ibdata1 中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件）,相对来说比较不好备份，免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump。
MyISAM
MyISAM 是MySQL缺省存贮引擎 .
每张MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex) 引伸。
因为MyISAM相对简单，所以在效率上要优于InnoDB..小型应用使用MyISAM是不错的选择.
MyISAM表是保存成文件的形式,在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦
MyIASM是IASM表的新版本，有如下扩展：
二进制层次的可移植性。
NULL列索引。
对变长行比ISAM表有更少的碎片。
支持大文件。
更好的索引压缩。
更好的键码统计分布。
更好和更快的auto_increment处理。
1.MySQL最大的优势在于MyISAM引擎下的简单SELECT，INSERT和UPDATE快速操作
2.MyISAM类型的数据文件可以在不同操作系统中COPY，这点很重要，布署的时候方便点。
以下是一些细节和具体实现的差别：
1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。[建表时，mysql可能自动找auto_increment的字段，并据其建立索引，对MyISAM和Innodb都成立]
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。[也即MyISAM是通过重新建表、覆盖原来的数据文件.MYD来删除表。与此同时，索引文件.MYI也会重新生成。参见下文《mysql错误:Table XXX is marked as crashed and should be repaired[转]》]
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
以暂对存储引擎的认识，觉得 InnoDB 支持外键，在数据量可以用“庞大”来形容时，在有良好的 INDEX 的基础上，InnoDB 的查询速度应该比 MyISAM 要快。
在 Falcon 有稳定版本前，我想 MyISAM 是一个可用的选择方案。
任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势。