噬菌体
噬菌体(bacteriophage, phage)是感染细菌、真菌、藻类 、放线菌或螺旋体等微生物的病毒的总称，因部分能引起宿主菌的裂解，故称为噬菌体。本世纪初在葡萄球菌和志贺菌中首先发现。作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小；不具有完整细胞结构；只含有单一核酸。可视为一种“捕食”细菌的生物。噬菌体基因组含有许多个基因，但所有已知的噬菌体都是细菌细胞中利用细菌的核糖体、蛋白质合成时所需的各种因子、各种氨基酸和能量产生系统来实现其自身的生长和增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。
PhiSpy
PhiSpy是一个在细菌（或者古菌）基因组中识别溶源噬菌体的工具。输入一个经过注释的基因组，它会识别出中最可能是噬菌体的区域。PhiSpy的原理是识别出溶源噬菌体的几个显著特征，包括：蛋白质长度，转录链的方向，AT、CG的偏斜性（skew），噬菌体特异words（后面有解释words具体指什么）的丰度，噬菌体的插入位点和噬菌体蛋白的相似性。
一.安装
1.Conda（推荐）
conda install -c bioconda phispy
2.PIP
sudo apt install -y build-essential python3-dev python3-pip
python3 -m pip install --user PhiSpy
二.基本用法
python PhiSpy.py -o prophages genome_prokka.gbk
Prophage Hunter
网站https://pro-hunter.bgi.com/
进去之后点击Start Hunting。然后按照里面提示去提交数据文件就可以啦，分析完成需要等待5-15分钟。
DBSCAN-SWA
网站https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.12.199018v1
DBSCAN-SWA是一个结合了具有噪音的密度聚类算法(density-based spatial clustering of applications with noise, DBSCAN-SWA)和滑动窗口算法(sliding window algorithm, SWA)的工具，可以在细菌基因组中识别溶源噬菌体。DBSCAN-SWA接受multi-FASTA和GBK两种格式的输入。DBSCAN-SWA会对未经注释的multi-FASTA文件进行注释。
优势：
1）效率高（high efficiency）；
2）大约需要1.35分钟~6.8分钟来检测完整细菌基因组中的溶源噬菌体(1.2 Mbp~7 Mbp)；
3）高召回率（high recall）；
4）获得了100%极好的召回率。
VirMiner
网站地址：：http://sbb.hku.hk/VirMiner/
基于实际的噬菌体学和微生物宏基因组学样本开发了VirMiner来填补噬菌体研究的空白。与VirSorter和VirFinder（最广泛使用的工具）相比，VirMiner能够捕获更高浓度的噬菌体重叠群，这可能在感染细菌和影响微生物群落动态方面发挥关键作用。此外，VirMiner是宏基因组样品中噬菌体分析的综合工具。它支持不同组之间的统计比较（例如，病例和对照）。重要的是，VirMiner可以预测噬菌体-宿主的相互作用，为噬菌体对致病性的影响提供新的见解。
PHASTER
网站：http://phaster.ca（可参照以前发的推文）
