nest-simulator 安装教程

NEST 是用于强化神经网络模型的模拟器，其重点是神经系统的动力学，大小和结构，而不是单个神经元的确切形态。NEST 的发展由NEST 计划协调。

NEST 非常适合任何大小的尖峰神经元网络，例如：

1. 信息处理模型，例如哺乳动物的视觉或听觉皮层
2. 网络活动动态模型，例如层状皮层网络或平衡随机网络
3. 学习和可塑性的模型

NEST 在 Linux 下的安装流程比较简单，主要是要注意一些编译选项

下载

$ wget https://github.91chifun.workers.dev//https://github.com/nest/nest-simulator/archive/v2.20.0.tar.gz 

这里提供的是 github 的加速下载地址，国内访问速度很快

安装

这里我使用的 intel mpi 以及 intel 编译器从源码编译

$ cd nest-simulator
$ mkdir _build
$ cd _build


$ module load x86/Intel/2017
$ module load x86/gcc/5.4.0
$ module load x86/cmake/3.16.7 


$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/nest-simulator/install -Dwith-python=OFF -Dwith-warning=OFF -Dwith-mpi=/path/to//parallel_studio_xe_2017_update4/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/mpi/intel64 -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc

$ make -j 24 
$ make install

1. 安装需要 cmake 3.14+ ，需要先 module load
2. 其中 -Dwith-python=OFF 可以选择打开，但是会要求 python 3 以及 Cython
   其他的一些编译选项可以参考官网 安装指南
3. 不能直接 git clone 整个仓库，会导致后面有些 api 名称不一样