gromacs 2020.2 with plumed 安装

这里使用 intel 2018 + gcc 5.4.0 编译器

由于需要软件安装时还需要使用 python ，所以我们还需要加载一个纯净的 python 环境（如果编译有问题可以使用 conda 新建一个虚拟环境）

首先我们安装 plumed2 2.6.1，直接参考 CP2K 7.1.0 中的安装方法（还需要安装 gsl 库）即可

加载 plumed 环境

export PLUMED_ROOT=/path/to/plumed2/2.6.1/lib/plumed/
export PATH=/path/to/plumed2/2.6.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/plumed2/2.6.1/:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/gsl/2.6/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

patch for gromacs

cd /path/to/gromacs-2020.2
plumed patch -p

选择 2020.2 即可

编译 gromacs 2020.2

cd /path/to/gromacs-2020.2
mkdir _build
cd _build
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/gromacs/2020.2/ \
-DCMAKE_C_COMPILER=mpiicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc -DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=off 

记得使用 mkl 库而不是 fftw3

make -j 24 
make install

安装完运行 gmx_mpi 即可

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如果你想为更高版本的 gromacs 安装 plumed ，可以先安装更高版本的 plumed，查看是否支持你需要的版本