如何快速建立化合物数据库

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化合物库是创新药物发现的主要源头。随着人工智能大数据和实验筛选模型的迅速发展,化合物筛选已成为发现先导化合物的主要途径。纵观国内外各大药企,辉瑞、诺华、默沙东、药明康德等各大药企均有自己大型的高质量的化合物库,瑞士的诺华制药就拥有约150万种实体化合物。那么,小编在这里为大家整理一下部分目前常用的化合物数据库及化合物数量:
公共数据库
ZINC http://zinc.docking.org/ 750,000,000 +
PubChem https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 102,000,000 +
Drugbank https://www.drugbank.ca/ 13,000 +
ChEMBL https://www.ebi.ac.uk/chembl/ 1,879,000 +
HMDB http://www.hmdb.ca/ 114,000 +
BingdingDB http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp 786,000 +
SMPDB http://smpdb.ca/ ~55,724

商业数据库
ChemDiv 1400,000 +
Enamine 1000,000 +
Lifechemicals 600,000 +
SPEC 200,000 +
Chembridge 700,000 +
Maybridge 60,000 +

天然产物数据库
Dictionary of Natural Products(DNP)246,000+
中国天然产物化学成分库(CNPD) 57,000+
微生物天然产物数据库(MNPD) 10,000+
海洋天然产物三维结构数据库 ~31,000
中国天然产物化学成分库 ~10,000
天然产物库Natural Product Library ~1316
DSMS天然产物库 5,000+
建立自己的化合物数据库
在实际的工作中,科研人员每天会得到各种各样的化合物,例如实验合成的、植物中分离鉴定的、重头设计的、实体或虚拟筛选的等等,日积月累从几十个到几百个到几万……。如果这些化合物能被记录管理起来,都是一笔独一无二宝贵的财富。如何能管理好自己的化合物库,至少需要以下几点核心功能:
1)支持批量添加,快速建立;
2)增删改查,随时更新;
3)结构搜索,提供更多灵感;
4)文件文档数据全面支持绑定,信息更丰富;

接下来我们将介绍一个化合物管理的实用工具:英夫化学信息管理系统InfoBase,让您快速构建自己的化合物数据库。

InfoBase化合物数据库快速建立实例
操作一:项目创建
小明:“小红,你的实验结果出来了吗?”
小红:“都在实验记录本里呢?”
小明:“实验数据那么多,不好整理哟,有个项目管理系统,你可以试试,3步就可创建一个项目了,当然你还可以同时管理多个项目呢。”
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操作二:添加分子
小明:“小红,info管理小分子库更方便,可以点击添加分子单个加入,还可批量添加小分子,在更多模板里还可对分子库进行操作。”
小红:“哎呦不错哦。”
小明:“告诉你哦,分子库的检索功能可以说是有史以来最强大的,属性/结构/组合检索都可搞定,还可以转存小分子成为一个新项目。”
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操作三:检索功能
小明:“info界面好看又有实力呢,你用用它的检索功能就知道了。”
小红:“哎哟,是不错哦!”
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操作四
小明:“接下来,就是分子信息编辑,还可以上传该分子的多个文件信息哦,如文献、波谱图、PPT、PDF等各种格式文件哦”
小红:“哇,真好,数据再也不会乱了。”
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